太虚不仅认佛学为科学，而且还进一步论证它是“超科学”。

首先，他指出“科学之知识可为佛法之确证及假说，而不能通达佛法之实际”。佛法所要阐明的，是宇宙间万事万物的真相，科学越进步，揭示的真理越多，就与佛法越近。就天文学而言，佛经讲：虚空无边，世界无数，交相摄入，如众蛛网，可是过去人们不信，只以地球为宇宙的中心。等到天文学家揭示出了恒星、行星的秘密，才验证了佛经的说法。再拿生物学来讲，佛经说：一滴水，八万四千虫。现在科学家发明了显微镜，可以证明此言不虚。佛经又说：观身如虫聚，科学家已经证明人体是由无数个细胞组成的。佛经上还讲了很多真理，只是现在科学还不够精进，还没有发现，佛法还亟待科学的进步，以便进一步得到证明，“故科学愈见精进，则佛学上愈为欢迎”。其次，“科学之方法可为佛法之前驱及后施，而不能成为佛法之中坚”。太虚认为，科学的方法即分类、观测、审察、综合、试验、结论。这种方法与小乘佛法求证真理的方式相似，也可用于大乘佛法弘道，因此可为“佛法之前驱及后施”。但科学方法是一种“法执”法，即一味执着于物质的方法。它可以破除错误的“我执”，即人对自我的迷信，但又陷于“唯物”中爬不出来，破除不了错误的“法执”这种执见，因此，它不能成为佛法的中坚。那么，什么才是佛法的中坚方法呢?太虚认为就是精细的修习戒、定、慧的方法。此外，在太虚看来，科学所赖于“依归”的唯物论“颇近小乘俗谛”，“又近于大乘唯识现量性境”。唯物论既讲物质又讲精神，小乘教理也讲物质与精神，大乘唯识宗更认为物质与精神是天地、人物的两个显著的现象，因此三者相似，可以互证。大乘唯识宗还可以帮助唯物论消除不足，更好地发挥作用。太虚这样硬性比附三者，说明他对唯物论并不真正了解。因为唯物论虽然也讲物质与精神，但认为前者决定后者，这是与大、小乘佛学都不同的。

做了上述对比后，太虚总结说：佛学是超现代科学的更高科学。

在我们看来，太虚认佛学为超科学，并不意味着否认佛学为宗教。查阅他同期发表的文章和讲话，就会发现他多次谈到佛学是最高等的宗教，还强调“唯有佛教乃能摧破一切宗教，融收一切宗教”。这样一来，太虚的真实意图就露了端倪，他是为了取得教内外人士对佛教改革事业的认同。具体而言，肯定佛学为科学，是期望以此减轻教外人士的压力；强调佛学为更高级的超科学，则是为了取悦教内人士，减少除旧布新的阻力。而其改革佛学，又是为了“建立现代佛学，化导现代社会”。本来，佛学中到底含有多少科学内容，精通佛学和熟谙新文化的太虚应该是很清楚的，而他一意夸大佛学中的科学成分，正是为了上述目的。