清末民初，科学思想作为一种救亡图强的工具性观念已经传入中国，但直到新文化运动发生，经过陈独秀、蔡元培等人的深入阐释和大力宣传，其影响才迅速扩大，很快成为一种社会思潮。人们由此始知科学不仅仅是一种研究自然物质、自然现象以揭示其真相的学问，它也是一种思想方法，即“辨别事实的真伪，把事实取出来详细的分析，然后求他们的秩序关系，想一种最简单明了的话来概括他”，简言之，就是“观察分类说明”。科学的目的也不再局限于揭示自然，创造发明，更在于“摒除个人主观的成见——人生观最大的障碍——求人人所能共认的真理”。对于科学的分类，时人也有了新认识，“科学有广狭二义：狭义的是指自然科学而言，广义的是指社会科学而言。社会科学是拿研究自然科学的方法，用在一切社会人事的学问上，像社会学、伦理学、历史学、法律学、经济学等，凡用自然科学方法来研究、说明的都算是科学”。科学的地位日益巩固、提高。胡适为此评论说：“这三十年来，有一个名词在国内几乎做到了无上尊严的地位；无论懂与不懂的人，无论守旧和维新的人，都不敢公然对他表示轻视或戏侮的态度。那个名词就是‘科学’。”

科学思潮的流行，在不断破除封建迷信的同时，也极大地冲击着民国的宗教文化。当时的新派人士，特别是非宗教新青年，很少有人能认识到，一些宗教其实分为两大部分：形而上的哲学和形而下的仪式、偶像、习俗、迷信说教。这两部分的性质和功用是不同的。前者有探究人生、宇宙真理的一面，既力图解答世界的本源、结局、特质等认识论的最一般的问题，又想解决人生的价值、困惑及人的本质等对于人生的基本态度问题，其结论虽不尽科学，却是人类赖以存在的精神支柱之一，并以此吸引了有智识的知识分子等上层信众。后者则是人类认识、把握自身和世界的一种荒唐而低级的方式，它能够迎合没有多少文化的下层信众的心理需求。因此，多数信奉科学的人士只是简单地把宗教等同于迷信而加以否定、批判。

面对科学思潮的冲击，旧佛教徒大多惶恐不安，革新人士则对此持既欢迎又批评的态度。他们一方面声明“以科学思想为重心故，佛教徒亦以科学为本”，提倡佛教徒学习、研究科学，努力使佛学与科学接轨，以化解科学对佛学的冲击；另一方面则指责世人大多“以人代教”，只看表象不看本质，在并不真正了解佛教的情况下就予以全盘否定，而实际上佛徒不等于佛教，佛教不等于迷信，佛教是“由智而信，智信一致，非基督教等盲情之信仰，而不违于哲学、科学之推究经验”。