同样主张尊敬科学的“佛教即迷信论”者和“佛教非迷信论”者之所以得出相反的结论，除了知识结构、心理定式、思维方法不同等原因以外，也与双方对于科学、迷信、宗教与迷信的关系等问题的认识的不同有关。前者科学至上，认为“宗教美文，皆想像时代之产物。……今且日新月异，举凡一事之兴，一物之细，罔不诉之科学法则，以定其得失从违；其效将使人间之思想行为，一遵理性，而迷信斩焉，而无知妄作之风息焉”。而后者虽尊敬科学，但认为科学也有其局限性，尤其在现代社会，它导致了国与国、人与人之间的残酷竞争。在我们看来，科学是有局限性，但这种局限性主要是指科学还不能解答众多的自然界、人类社会、人本身的未知问题，还不能发现众多领域中的未知真理。至于人类滥用科学成果酿成不幸，那是人类自己的错误，不能归咎于科学。对于“迷信”一词的大义，双方并无大的分歧，但对其外延，则认识不一。一方习惯于把崇信鬼神及与之有关的种种东西视为迷信，而另一方认为不仅仅如此，贪恋权力、武力、表象，执迷于物质享乐和精神上的一己之见都是迷信。至于宗教与迷信的关系，一方并不屑于做认真研究，多根据表象认定此即彼；而另一方则拒不承认己教中也有迷信的成分。

对以上问题认识的不同，就导致了两种截然相反的结论。而争论的加深，无形中促使双方进一步留意对方的领域，尤其是处于被动地位的佛界人士，愈加重视对科学的了解和研究。

二、佛界革新之士对佛学与科学关系的深层阐释

在科学思潮的影响和冲击下，佛界革新之士虽然提出了“佛教非宗教”、“佛教非迷信”这两种新观念，并进行了大力宣传，但由于理论自身的缺陷，再加上其他一些原因，其效果并不理想，人们仍认“佛教和其他的鬼神教一样是提倡迷信，阻碍国民的进步思想的”。这使他们觉着世人太“执迷”于“世俗科学”，而不了解“真正的佛学”与一般科学的密切关系。于是，在进一步研究科学后，他们针对佛学和科学的关系直接提出了两种新理论，即“佛学超科学论”和“佛学统摄科学论”。前者至少在表面上还以科学为标准，后者干脆否认科学的权威性，而代之以佛学。