融会儒佛思想、自成体系的近代哲学家熊十力，其代表作是《新唯识论》。这是一部“出入百家”，“旁参博采”，不拘一家之言，不守一家之貌，具有独特见解的创新之作。但他自己又承认《新唯识论》是从佛家唯识论演变而来，说：“《新论》实从佛家演变出来，如谓吾为新的佛家，亦无所不可耳。”他对印度佛学唯识思想作了深入探讨，然后用儒家思想对之进行批判与改造，即宇宙观方面的批判与改造和认识论方面的批判与改造，使之成为中国化的唯识论。

在宇宙观方面，他认为《成唯识论》关于“唯识非境”的提法不够确当，应该改为“离心无境”。同时又以“体”和“用”的概念，代替有宗的“阿赖耶识”和“种子”、“现行”说。

在认识论方面，他批判了《成唯识论》提出的“四分”(即相分、见分、自证分和证自证分)说和“三性”(即遍计所执性、依他起性和圆成实性)说，提出了一种“反求本心”或者叫做“反求自识”的认识理论，认为“真理，唯在反求”，只要“确然直指本心，人人可以反求自识，而无事乎向外追索”。

熊十力在改造有宗的唯识思想的同时，也提出了一些合理的概念。如他用“相反相成”的概念来论述“心”“境”关系，认为“心是对境而彰名的，才说心，便有境；若无境；即心之名也不立了”。又说：“一切事物均逃不出相反相成的法则”，事物之间相互联系和相互制约的关系。他还承认宇宙万物都是“万变不穷”的，事物的运动变化，包括“心”和“镜”，都是“有内在的矛盾的，以及于矛盾中成其发展的”。同时还揭示了一些哲学范畴的内在联系和矛盾，探讨了“空时”、“有无”、“数量”、“同异”、“因果”等等的概念和范畴。

近代著名学者、哲学家胡适，对中国禅宗史研究曾下过功夫，提出了许多独特见解。他认为，现在所传的禅宗史，是“神会捏造出来的道统伪史”。而禅宗的“袈裟传法”，也“完全是神会捏造出来的假历史”。至于神秀与慧能，他认为“同做过弘忍的弟子”，“也没有‘旁’、‘嫡’的分别”。所谓“师承是旁”的口号，不过是神会在“争法统时一种方便而有力的武器”。

最引人注目的是胡适提出《坛经》不是慧能所述，而是神会或神会一派所作，《坛经》的思想不是慧能的而是神会的。自从他在敦煌史料中发现了三种神会的《语录》和《显宗记》以后，陆续写出了《荷泽大师神会传》和《坛经考之一》、《坛经考之二》等论著。他的结论是：“敦煌本《坛经》为最古本，出于神会或神会一系之手。”又说：“南宗的急先锋，北宗的毁灭者，新禅学的建立者，《坛经》的作者——这是我们的神会。”他还认为，神会为南宗立下了许多汗马功劳，但“在《景德传灯录》等书里，神会只占一个极大重要的地位”，“历史上最不公平的事，莫有过于此事的了”。在他看来，“在中国佛教史上，没有第二个人比得上他的功勋之大，影响之深”。胡适的这些观点，受到了许多学者的批评，但是由于他提出的不同观点，推动了禅宗研究，提高了禅宗史研究的水平。