至嘉靖三十二年（1553年），明世宗敕赐“万寿慈华禅寺”匾额，从此龙华寺又称“万寿华禅寺”。但不久倭寇进犯，龙华寺再度遭到破坏。

明万历年间，皇帝又敕赐“大兴国万寿慈华禅寺”匾额给龙华寺，从此龙华寺又得名“大兴国万寺慈华禅寺”。万历年间，寺内新建了阿陀佛殿、轮藏殿、大藏经阁等殿堂。皇室对龙华寺的赏赐是十分丰厚的，仅万历二十九年（1601年），皇太皇就敕赐大藏经718函，裹金绣袱718张，五彩织桌衣18件，范金千叶宝莲毗卢遮寻佛1尊，日月宝幡2对，缕金彩结幡10丈，大红锁金友幡2对，宫修五彩西方三圣法华28品，圣像18轴，五彩金供花4朵，五彩对立面龙花瓶2对，供佛古铜器5件，御书承恩堂匾额1座，金印1颗等。明朝皇帝敕赐给龙华寺的藏经、范金毗卢佛像和金印，被称为“龙华三宝”，至今珍藏寺内。

清代是龙华寺的全盛时期。清朝顺治年间，韬明禅师被推举为龙华寺住持。他鼎新开辟，先后修建了韦驮殿、东西照楼、怀香楼、藏经阁等，被称为龙华寺中兴的开山之祖。韬明和尚圆寂后，置塔于龙华寺三圣殿亮度。弟子大壑禅师（又称沛堂和尚）继任住持。

据康熙十二年（1673年）张寰辑《龙华志》记载，当时龙华寺主要殿堂有：大雄宝殿、三大士殿、圆通宝殿、韦驮殿、天王殿、千手观音殿、大悲殿、真武殿、禅堂、祖师堂、法堂等，另外还有钟鼓楼、大藏经阁、文昌阁、方丈室、东西照楼、怀香楼、塔院、东轩、三元祠、张方伯祠、五通祠、僧房禅舍等建筑，整个寺院金碧辉煌，雄伟壮观，使龙华寺达到鼎盛。

清代咸丰年间，观竺法师住持龙华寺。他是天台宗第四十祖，在龙华寺弘扬天台宗，并募集资金修整殿宇。清政府彰其功德，赐给龙华寺一部《清藏》，共730池，现仍珍藏在寺内。观竺法师传法与弟子所澄，所澄弟子有迹端、文果等，都是龙华寺的著名僧人，对维修寺院做出了贡献。

1911年，近代名僧谛闲法师主持龙华寺，他是天台宗第四十三世传人，历任慈溪狮子庵、永嘉头陀寺、绍兴戒珠寺、宁波观宗寺、天台山万年寺、上海龙华寺住持，还曾到哈尔滨市极乐寺传戒，他的著名弟子有倓虚、常惺、妙真等。