为造就人材而办学，是所有佛学院的办学目的，可是「为谁」而办？这就有问题了。在台湾佛教，没有理想的十方丛林，大都是师徒相承如家庭般的「子孙庙」，为了「自己的道场」着想，一方面为增加人众、吸纳人材，以办学之名引来青年僧俗，毕业时部分学僧便会成为此寺院的子孙；另一方面，办学院也可避免寺内青年的外流，免得子弟去别处求学后就「见异思迁」，成为别人的徒弟、其它道场的人手；当然，自己的子弟也是要栽培教育的。于是，凡有一点力量的寺院无不设法办学，结果，所有的佛学院无不是某一佛教道场或寺院的私设机构。

本来，僧伽蓝属于四方僧物，非一寺之私产；佛学院应该是佛教的「公器」，为法为教栽培僧材是义不容辞的责任。但是，由于各寺院为了道场的维持与未来发展，多不愿意把徒弟往外送，却都希望别人把徒弟送到我这里来，也明白「人同此心，心同此理」，当然结果就是：学生的来源成为问题。再者，一般信徒愿意出功德建寺塑像、诵经拜忏，却不愿出钱供僧办教育，必得自行另寻财源来维持学院开销。如此学生、经费来源不易筹措，因此绝大多数佛学院规模都很小，水平不高，参差不齐，时停时办。有些一年一届，有些是上一届毕业才收下一届，有些则「景气好」才开班授课、毫无章法。

另外，佛学院还肩负有「度人出家」（特别是年轻人）的使命，因此大都是僧俗兼收、免费供应食宿，为吸引学生、让学生安心求学，还比照一般大学设置奖学津贴。最多的每月奖励每名研究生六千元台币，其次是五千元津贴。这对学生来说，真是一笔不小的数目，但是一般而言，津贴数目之多寡在各寺院之间颇有差异，而且对待常住众与参学众之间也有所差别。

由于办学的道场或寺院，办学的基本动机，常是为自己的道场做打算，栽培属于自己的、或可能会成为自己的徒孙，这就注定了它无法大规模发展的命运。因为佛学院基本上成为某一道场的「私塾」，单凭一间寺院的能力，很难办好一所教育机构，无论就财力、物力、人力、技术、师资上，都是非常困难。这便是当前台湾佛学院教育的基本难局。

二、缺乏明确、崇高的办学理念