1683年（康熙二十二年）八月，清朝统一台湾，第二年四月，将承天府更名为台湾府，府下分设台湾、凤山及诸罗三县，藉资统辖。另在澎湖设置巡检司（视察司），自此，台澎均隶属于福建省台湾厦门道。清朝订下这样的新政策来统治台湾，佛教也随着逐渐传播开来。康熙二十三年（1684），台南名士李茂春的隐居之所梦蝶园改为法华寺，当时的知事蒋毓英就将梦蝶园后面的空地捐给这座寺院。

之后，在1688年（康熙二十七年），左营守备官孟太志捐款兴建黄檗寺，就这样，各地陆续盖了许多寺院。刘枝万的论文《清代台湾之寺庙》中指出：有清一代，台湾境内建了纯佛教寺院约102座。斋教（在家佛教的一种）所设的斋堂（等于寺院）似乎尚不包括在内。102座寺院中，多以观音寺（或观音宫、观音庙、观音亭等名称）为其名称，约有55座以上。这种情况充分反映着当时台湾的观音信仰是如何地盛行，这可能是因为能够急速地实现民众现世利益愿望的是观音，所以观音信仰会如此迅速地普及。

综观台湾的寺院，即可对当时观音信仰之盛一目了然，而且多数寺庙是向里（乡）民或地方上的士绅募捐而建成的。观音信仰的普遍，显示着当时社会心理之所趋，在于寻求苦难的解脱，也反映着大多数人心里的不安，观音信仰实乃他们精神之所依。依上述的情况看来，也意味着当时佛教信仰已普及到全台湾各地了。除了前述的观音寺之外，现特列出几座颇具影响力的寺院于下。这些寺院正是后来台湾佛教的中心，时至今日，仍然不可忽视其重要性。首先还是从台南先开始。

(1)开元寺

此寺建于1690年（康熙二十九年），当初叫做海会寺，据高拱干《台湾府志》的记载，此寺的建地原为郑成功的别馆。台湾隶属于清朝后，总镇王化行与台厦道王效宗将郑氏别馆改建为寺，命名为海会寺。今根据其后史书的记录，添加下列三项变革的经过：1750年（乾隆十五年），巡道书成迁寺至此地，改名为榴禅；1777年（乾隆四十二年），知府蒋元枢提倡改建，陈朝梁负责施工；1796年（嘉庆元年），提督哈当阿予以改建之，同时改寺名为海靖，后亦称开元寺。据说开元这个寺名很可能是嘉庆年间大改建时所定，此寺至今仍为台湾最大的古刹。

(2)竹溪寺

若以寺基之始而言，这乃是台湾最古的寺院。但若依王必昌的《台湾县志》（1752，乾隆十七年）所云，则此竹溪寺系建于1693年（康熙三十二年），此外，尚有建于1683年之说（请参照《台湾一统志》及《台湾通史》）。1789年（乾隆五十四年），地方人士蔡和生曾加以重修，1796年（嘉庆元年），再由黄钟岳及吴邦杰重加修筑，遂具现在之规模。