康熙二十二年八月，郑克塽降清，于是台湾成为清朝版图，海禁解除后，佛教随之流入。靖海将军施琅就营靖王府邸改建天后宫。郑氏部将，义不帝胡，并藉佛教之名，不少人潜身为僧者，并在暗中窥复明室，加以清室攻台之败将，亦多剃发为僧。

海会寺原为北园别馆，为郑经之母董氏养老之所，入清后曾荒置。康熙二十九年台湾总兵王化行，台厦道王效宗等“因其故址建为寺宇佛像最胜，住僧云集”。据王化行所撰《始建海会寺记》：台湾版图新辟─惟少一梵剎福佑海天。附郭大桥头有废舍一所……始于庚午八月七日，成于明年四月八日，名约海会。道场丕建，法筵宏开。瞻妙相之庄严，雷音寺见于东土；听法虽大，王法卫之……故凡天下梵剎，皆赖士夫护持。后之游于此宦于此者，肯一瞻礼，悉皆龙华会上人。少存菩提心，即见金刚力；其造福于海邦，岂有量哉？

康熙三十三年僧树璧奉妈祖神像至笨港，三十九年建笨港天妃庙，这是八掌溪以北最早的寺庙。康熙五十一年通事赖科鸠合民番兴建淡水甘豆门（关渡）天妃庙，五十四年重建，易茅以瓦，知县周钟瑄颜其庙曰“灵山”，是浊水溪以北最早的寺庙。前者为佛教僧侣所建；后者为先住民与汉移民合建，初期由庙祝林助主持，后来改由临济宗僧石兴主持，是后经六代出家众、四代在家众相继主持，前后两百一十年，近年则由信徒管理。

诸罗县辖区最早的佛寺是郑氏时代陈永华营建的龙湖岩观音寺。设县后，僧德功得候补通判何廷凤捐地，康熙三十七年在碱水港募建一座观音寺。据康熙五十六年篡修《诸罗县志》所载，诸罗县辖下共有寺庙十四座，其中有四座观音寺，约占总数的百分之二十八点六。而康熙五十二年建于今嘉义市内的关帝庙也是前祀关帝，后祀观音。