一般认为，台湾佛教是1662年郑成功光复台湾前后自闽南传入的。现知台湾最早的佛寺，是始建于1662―1665年之间的台南竹溪寺，原称小西天寺。其后不久，又建起弥陀寺、黄蘖寺、法华寺、开元寺等一批寺院。据考证，有清一代，台湾境内建立纯佛教寺院约102座，其中开元、竹溪、法华三寺被称为当时的三大名刹。从清末到日据时代中期，还以福州涌泉寺僧人为主形成了大岗山、观音山、大湖山和月眉山等台湾佛教四大派系。

在台湾历史上，还有一种影响力很大的“在家佛教”，即斋教。斋教原称老官斋教，实际是创立于明末的一种民间宗教，它冶儒道佛三家为一炉，但外在形式上佛教最浓。斋教于清乾隆年间自东南沿海传到台湾，以释迦牟尼、阿弥陀佛、观音菩萨为崇拜对象，使用《金刚经》、《心经》、《阿弥陀经》等佛教经典。教徒称斋友，活动场所称斋堂，主张吃斋食素，在家修行，逢朔望秉香烛至斋堂念经聚会。斋教吸引了很多平民，并曾于1915年6月发动过反抗日本侵略者的起义(台学术界亦有认为此次起义非斋教发动，兹不详述)。日据时代，斋教的名称不再专指老官斋教，而包括了也是传自大陆、形态相近的中外两支民间教派―金幢教和先天道，老官斋教则以“龙华会”为名。因此，斋教便有了金幢、先天、龙华三派，龙华派人数最多。日本占领当局曾以日本佛教辖制斋教，斋教部分人士亦集体列入日本佛教曹洞宗下以求自保；后日方又令斋堂改为神社，焚毁斋教祖师像，使斋教元气大伤。斋教的派别现在台湾仍有某些独立的活动，不过多数斋堂已为佛教组织并吞，斋友成为佛教信士，少数斋堂改奉道教神祗，还有一些被一贯道所替代。但是，斋教传统因素的存在，是台湾佛教面貌呈现某种混杂的原因之一。

1895年日本侵占台湾后，日本佛教曹洞宗、临济宗、净土宗、净土真宗、真言宗、日莲宗、天台宗和华严宗等8宗12派纷纷派僧侣到台湾布教。在政治压力下，台湾原有的中国系统佛教被迫归属日本佛教系统。僧人全加入禅宗，曹洞宗和临济宗妙心寺派各半；居士一部分加入禅宗，大部分加入净土宗和净土真宗东、西本愿寺派。1922年4月4日，成立了名为民间团体，实以日本官员为会长的全台性佛教组织―“南瀛佛教会”。1937年“七七”事变后，日本在台推行“皇民化”政策，规定凡未归属日本佛教的寺庙、斋堂都改为神社，佛寺器物、制度、仪轨均仿效日本，造成台湾佛教彻底日本化的局面。

1945年台湾光复。1946年10月“南瀛佛教会”改名为“中国台湾省佛教会”。1947年5月，中国佛教会在南京复会，台湾省佛教会成为其分会。自那时起，特别是1949年以后，大陆一些著名佛教人士陆续到台湾弘法，恢复传戒，整饬僧团，扩建道场，培植僧材，使台湾佛教面貌有了巨大的改观，重新确立了中国佛教的正统地位，并逐步掀起一场令其他宗教瞠乎其后的“佛教复兴”运动。