像这样辛劳数年，内学院终于在民国十一年(一九二二年)成立，十二年九月开学。但为时不久，到民国十六年(一九二七年)，因北伐军打近南京，北洋军的守城部队以金陵刻经处作为驻兵之所，内学院就停办了-事实上，经费困难也是原因之一。

民国十六年(一九二七年)，内学院因驻兵而停办，而他守寡多年，孤苦无依的同胞姊妹(名淑)又病故了。这对他又是一重打击。他悲慨莫名，唯有沉浸于学问中，吕澄在〈亲教师欧阳先生事略〉一文中称：

师悲慨发愿，循龙树、無著旧轨，治《般若》、《涅槃》诸经，穷究竟义，次第叙成。其间更辑印藏要，经论二十余种，各系绪言。莫不直扶本源，得其纶贯，而尤致意拣除伪似，以真是真非所寄自信。一时浮说游谈，为之屏迹。

民国二十年(一九三一年)“九一八”事变，继之民国廿一年(一九三二年)上海“一二八”战争，国难日亟，竟无忠义奋发，屡屡撰文呼号救亡。吕澄〈事略〉一文中说：

一二八抗日军兴，师筮之吉，作释辞，写寄将士以激励。继刊〈四书心史〉，编《词品甲》，写〈正气歌〉，撰〈夏声说〉，所以振作民气者又无不至。于是发挥孔学精微，上承思孟，辨义利，绝乡愿，返之性天，以为寂智相应，学之源泉。孔佛有究竟，必不能外是也。

民国二十六年(一九三七年)，中日战争爆发，南京受到战争威胁，竟无率领内学院工作人员及重要经书向后方迁徙。这样到了四川江津，在江津成立了“支那内学院蜀院”，继续刻经和讲学。在这段时间中，先后著作出《中庸传》、《方便般若读》、《五分般若读》、《内学院院训释》等，以顿境渐行之论，五科次第，立学院大纲。

竟无晚年，对《般若心经》夙夜参究，以期彻悟幻真一味之旨。参究三年，以自己切身的体会，曾写出《心经读》一书，这是他一生最后的精至之作。

他晚年的生活颇为孤寂，德配熊夫人先他数年而逝。有二子，一名格、一名东。东于民国十二年(一九二三年)九月，年十九岁时，在上海因游泳而溺毙。格亦早死，一女兰，民国三年(一九一四年)病故于南京之金陵刻经处，年十七。有孙应一、应象，孙女筏苏、勃苏，俱就学国外。所以，竟无晚年是以院为家，尝谓“悲愤而后有学”。