慈航衔冤入狱的消息传到新加坡后，他的弟子们纷纷来信劝他离台返新，不仅汇来款项，甚至寄来机票。慈航当场撕掉机票，将款项悉数交给寺院购买经书和教学用品。他回信给弟子们说：“我已老了，死也不足惜，但我不忍心一人跑走，而让僧青年一辈子负罪受苦……”

慈航出狱后被台北汐止静修院请去，每日为比丘尼讲经授课。期间常有大陆僧青年悄悄前来探望，台北警局发现后，三次出警缉捕未遂。后在静修院住持苦苦劝说下，慈航不得不躲进深山老林中的洞穴，过着野人穴居般的生活。

到了1949年冬，国民党当局最终确认“僧难”是一桩错案后，慈航才下山回到静修院，被关押的大陆僧青年也陆续被释放。

心系家国 修成金身

1950年春，静修院住持在院后山麓为慈航法师修建了弥勒内院。这期间，从狱中释放及散居各地的30多名大陆僧青年又回到他身边，于是他又创办了弥勒内院佛学研究院和静修院女众佛学院，并开设英语课程，倾力培育新型僧尼人才。当时的两院因学风严谨、教学相长、人才辈出而饮誉全岛，成为台湾佛学教育的中心。

在僧尼教育和弘法活动中，慈航十分重视弘扬民族主义精神。为了消弭日本佛教习俗对台湾的影响，他坚持弘传中国佛教文化的精华，坚持汉传佛教的律仪制度。为了肃清“皇民化”教育的遗毒，他要求那些曾经盲目崇拜日本的僧尼和信众，都要学会国语，不忘自己是炎黄子孙。他重视弘扬中国历史文化的基本精神，褒扬台湾同胞反对殖民统治的爱国义举，阐析中国佛教爱国护教的优良传统，借以唤起台湾同胞对自身历史文化的记忆。

而后，慈航应各方邀请，举行环岛弘法活动。他以弘传“人间佛教”与唯识思想为主旨，化世导俗，度利众生；同时高树正法旗帜，倡导正信，从而推进了汉传佛教在岛内的传播与发展。1952年起，慈航摒除琐务，闭关撰著。期间，他依然每天通过关房窗口为僧尼讲课5小时，还抽空学习英文和闽南话。

晚年的慈航法师，饱经沧桑，忧患余生，其思乡怀亲之情愈加浓烈。他曾对入室弟子律航说：“我离开南洋之前，原打算直接回闽北家乡，买块坟地，然后在附近三个县传布佛法，作为改良中国佛教的基地。这次来台湾，只是做一桥梁罢了。 ”又对弟子星云说：“我的祖庭在闽北泰宁，那里山灵水秀，佛缘隆盛。今后，我要带你们到福建家乡看看……”其殷殷桑梓情，溢于言表。

是年冬，慈航对弟子们说：“我已老病，今生返回大陆已无可能。但愿入寂后，将来能有叶落归根、魂归故乡的一天。”

1954年5月6日，慈航法师因突发脑溢血入寂，世寿六十。国民党元老于右任当即题写“光明自在”四个大字，派人送到弥勒内院以示志哀。

慈航法师寂后跏趺坐缸，全身不僵，面目如生，俨然老僧入定。弟子们将其葬于弥勒内院后山墓塔。随后，弟子们组建了慈航法师永久纪念会，印行120万言的《慈航法师全集》。

1959年，弟子们遵其遗嘱开缸检视，发现慈航法身全身不坏，五官分明，四肢不僵，皮肤呈半透明棕色。随后将其肉身装金，迎归弥勒内院安座，慈航遂成为台湾历史上第一尊保存肉身不朽、留下全身舍利的金身菩萨。