1947年，太虚大师在上海玉佛寺圆寂。慈航闻讯哀痛欲绝，随即在《中国佛学》刊出追念专号。而后又创办《中国佛教革命的呼声》小报，大量寄往国内各大寺院和佛学院。这期间，他还规划在杭州创办一所佛教大学，并为此而奔走呼号。

时过不久，圆瑛大师在马来亚槟城极乐寺举行传法典礼，表彰慈航“德学兼备，为教心切，庄严国土，利乐有情，慈悲为怀，培育后学”，特予传付法脉，为曹洞宗第47代传人。

弘法台湾 身陷囹圄

1948年10月，慈航法师应台湾中坜圆光寺住持妙果的邀请，赴台创办该寺的台湾佛学院。途经厦门时，慈航深情朝礼南普陀寺。他把南洋弟子们给予的大笔供养，拿出一半赠给闽南佛学院学僧，另一半捐给寺里慈善部门，托付设斋棚赈济饥民。结果他渡海抵高雄码头时，竟然身无分文。

圆光寺是地处偏僻乡村的小寺院，当时既无师资，又无设施，根本不具备办学条件。尽管如此，慈航依然没日没夜地忙碌起来。

1949年，国民党当局节节败退台湾，随之颁发“戒严令”，宣布台湾处于“战时动员状态”，对内对外实行全面戒严。这期间，一些在大陆佛学院就读的青年学僧，风闻慈航在台办学，也在动荡与迷失中渡海去台。上岸后，他们举目无亲，四处流浪。

慈航不忍看大陆学僧流离失所，于是不避凶险，挺身而出，将20多名大陆学僧收容在佛学院就读。此举引起圆光寺方面的惊慌和不满，双方经激烈谈判，寺方最终留下其中10人。慈航带着余下的10多人辗转颠沛于各寺院，后来以帮助办佛学院作为交换条件，才把大陆学僧分别安置在基隆和苗栗的两家寺院中。

1949年春夏，台湾岛内谣言四起，人心惶惶。此时，三家寺院都向慈航正式提出：因经费困难，决定不办佛学院了。慈航悲愤交集，带着20多名师生浪迹四方，几经周折，终于在新竹灵隐寺得以落脚办学。不料不出一个月，祸从天降。 6月19日，新竹警察局突然将慈航及13名大陆学僧逮捕，第二天秘密押往台北市警察局刑警总队。

在审讯中，慈航被诬为“涉嫌匪谍案罪”。在据理申辩遭斥后，他临危不惧，临难不苟，借三昧定力之功，摄心入静，一心念佛。关入牢房后，他泰然自若，每天照样为学僧讲经说法。

这期间，台湾警备司令部会同各地警局，到处追捕大陆僧青年，社会上盛传“中共间谍冒充僧人混入台湾”。岛内各寺院风声鹤唳，一夕数惊。

慈航被捕的消息传开后，他的几位僧俗道友随即展开营救。其中一位曾当面向时任台湾省主席的陈诚请求放人，陈诚却以“当依法处理”拒之。万般无奈下，他们转往孙立人官邸求救。孙立人时任台湾“陆军总司令”，其夫人张晶英笃信佛教，与慈航有过交往。

第二天，张晶英就去台北警局说项。警方看在孙立人夫妇分上，加上也有数位民意代表联名担保，于是在关押18天后，由张晶英将慈航保释出狱。