动物的异种基因转殖，必然会引生异种器官移植的伦理问题。这是因为‘楚人无罪，怀璧其罪’，植入人类基因的动物，因其‘怀璧’而被觊觎。若纯从人类本位的医学伦理来看，异种器官移植，是以活体动物器官，用供病人生命之存活，这不但可解决器官供应量不足的问题，而且较诸人体‘脑死’之后的器官移植，所引起的伦理关注或许更少，因此异种器官移植，是并没有抵触各种生命伦理原则的。孙效智教授于此分析云：

首先是‘当事人自主原则’(autonomy)，其次是‘不伤害原则’(nonmaleficence)，再其次是‘造福原则’(beneficence)。任何医疗行为都必须尊重当事人（或其家属）的自主性，故必须以病人的‘知情同意’(informed consent)为基础。‘知情同意’是说，病人的同意必须是在充分了解各种医疗选择的利弊得失之后而为之的‘同意’。‘不伤害原则’与‘造福原则’可以合在一起看，也就是说，医疗行为应该造福病人，其所带来的伤害不应大于它所带来的好处。当然，若伤害是无可避免的时候，合乎伦理的行为必须是‘两害相权取其轻’的那一方，因此这又可以称为是‘较小恶原则’（lesser evil principle）。（孙效智：2002）

孙教授依此诸原则检视异种器官移植问题，认为，其伦理争议不算太大。质疑其伦理意涵的主要论述，集中在担心此种技术的副作用或后遗症上面，例如：

质疑一、将原属于动物的疾病传染给人类，或将寄宿在动物身上的病毒转移到人身上，这恐将会引起毁灭性的灾难。--孙效智认为，这是最棘手的问题，也是异种移植所必须面对的最严肃之伦理挑战。倘若这个问题不能得到充分而令人信服的答案，那么，即使科技上异种移植可行，在伦理上它仍然是不可行的。

质疑二、接受动物脏器，对于病人心理有可能会形成负面的冲击。--孙效智认为，病人心理是否能接受的问题，这不该由旁人来置喙，而该看病人的意思。

质疑三、由于同种器官移植，有时会发生接受移植者显示出器官供给者某些特征的现象，因此有人担心，异种移植是否会让病人失去某些人性，例如出现‘猪头猪脑’之类的异种特征？--孙效智认为，这一方面要看病人及其家属在‘知情’的前提下是否‘同意’（即‘当事人自主原则’），另一方面也要看在‘缩短生命’与‘气质变化’的两难之间，何者较符合‘较小恶原则’。就这点来说，除非‘气质变化’的问题大到丧失人性或失去人格的地步，延长生命似乎仍是较小恶的选择。

质疑四、所谓异种的动物若很接近人类，例如黑猩猩，那么，在动物伦理上是否经的起‘物种主义’的批判，也是不容忽视的课题。--孙效智认为，现在异种移植研究已较少使用灵长类，而多改采用猪只，这使得物种主义的质疑几乎不再存在。（孙效智，2002）

但上来所述，无论是质疑还是回应，都是在宗教神学或俗世哲学中‘人类本位’的思维框架下进行的。即使孙教授带到了生命伦理或医疗伦理中的‘当事人自主原则’、‘不伤害原则’、‘造福原则’与‘较小恶原则’，但这依然是在人类中心主义前提下的‘不违原则’而已，它似已预设了‘动物不等于生命’的前提。依佛法以观，则吾人不免要提出如下质疑：

质疑一、异种器官移植，有经过基因猪等‘当事猪’的知情同意吗？若无，这是否依然违背了‘当事人自主原则’？