进入东林寺山门，展现在眼前的是一片莲池。当年，开山祖师慧远在这里“凿池种莲”。东林寺莲池的莲花中外闻名，每株有130多枚花瓣，花色清白，丰满清香。1321年，日本澄圆法师到东林寺求道，特意将这里的莲种带回日本，种植在日本吉祥寺等13座净土宗寺院里。中华人民共和国成立后，江西省人民政府将莲池列为省级文物保护单位，可惜“文化大革命”中莲池被废弃，池里的莲花也绝种。1987年，日本吉祥寺住持青柳俊文参观东林寺时得知此事，回国后发动日本净土宗各寺院共同把当年东林寺赠送的莲种送归东林寺。台湾、新加坡佛教界净土宗得知此事后，兴然捐款维修莲社。复修后的莲池占地1050平方米，池中有莲花座，供滴水观音雕，并缀以石雕飞龙、河马等飞禽走兽。池内白莲婶立。每当莲花盛开时，荷香阵阵，吸引不少中外游人观赏。

大雄宝殿是寺内主要殿堂。现在的大雄宝殿是近几年重修的殿堂，占地面积近800平方米，为仿宋重檐歇山式顶，殿高21米，整个建筑金碧辉煌，是江南规模宏大的大雄宝殿之一。殿内新塑了5米多高的三世佛，泥塑渡金，线条柔和，安详庄重。殿的两侧是十八罗汉像。殿前有两株几围分抱的罗汉松，苍劲挺拔。树旁的石碑上刻着明闵孝庆所书“六朝松”三个大字，相传此树为慧远亲手所植。

大雄宝殿后边是护法殿，殿内供着栩栩如生的弥勒坐像，笑口微开。侧面立着韦驮像。护法殿后边是神运宝殿，也是八十年代重建，部分结构采用了钢筋水泥，屋顶造型恰似一只硕大无比的鲲鹏，作展翅若习之势，眺望庐山，给人一种宏伟、巍峨的感觉。殿内新塑了释迦牟尼、文殊、普贤、阿难、迦叶等圣像，神姿各异，金身耀目。殿侧还有“三笑堂”，堂内有民国年间勒石的“虎溪三笑图”，描绘历史上有名的“虎溪三笑”的故事。

寺后竹林旁有闻名的“聪明泉”。相传东晋时，荆州名士殷仲堪拜会慧远，两人在泉边坐而论道，殷语如珠玑，机锋敏捷，慧远指泉赞道：“君之辩如此泉涌”。后人就把这泓清泉称作“聪明泉”。并传说饮此泉水可以治愚。

东林寺在古往今来的千年岁月里吸引了许多诗人学者、达官显贵，这里也留下了不少文人墨客碑铭。如陶渊明、谢灵运、李白、白居易、颜真卿、柳公权、李北海、欧阳修、苏东坡、黄庭坚、岳飞、陆游、徐霞客、康有为等人，都在东林寺留下踪迹和名篇。如今神运殿后东窗下，嵌有唐代著名书法家柳公权的真迹残碑。中华人民共和国成立后出土了唐代护法力士石刻、石经幢、宋代人物浮雕经幢以及东晋时东林寺的化缘陶钵(上刻有“东林寺乞米”等铭文)等珍贵文物。