元兴元年(402年)，慧远依据净土宗的经典和教义，并融合中国儒学、玄学于一体，在东林寺创立“白莲社”，造西方三圣像，专修净土法门，这就是净土宗创立的标志。净土宗也被称为“白莲宗”。

当时参加白莲社的僧人和居士有123人，都是来自各地的名僧名士，名僧有慧永、慧持、道生、昙顺、僧睿、昙恒、道炳、昙洗、道敬、佛陀耶舍、佛陀跋陀罗；居士有彭城刘遗民、豫章雷次宗、雁门周续之、南阳宗炳、张野和张诠，加上慧远，后世合称十八高贤。当时的东林寺成为南方佛教研究和佛教活动的中心，称雄一时。

慧远为了完备佛典，一方面请西域高僧僧伽提婆、佛陀跋陀罗(尼泊尔人)到庐山翻译经论，弘扬佛法，另一方面派弟子法净、法领去西域求经，带回梵本翻译，对中外文化交流贡献很大。他还与北方的鸠摩罗什大师书信来往，切磋教理深儿罗什在信中称慧远为“护法菩萨”。所以当时南方的东林寺和北方的逍遥园成为中国佛教的两个活动中心。两个中心的团结合作、彼此尊重也为后人所传颂。

一千多年来，“规模宏远，足称万僧之居”的东林寺迭废选  修，传之久远。唐代是东林寺的极盛时期，有“殿厢塔室共三百一十余间”，为唐代藏经最多的寺院之一。唐代天宝九年（750年），中日文化交流的使者鉴真法师东渡日本前来寺驻锡，并借东林寺僧人智恩同渡日本传经讲学。西域佛教界用  “东向稽首，献心庐岳”来表达对东林寺的向往和崇敬。

东林寺曾一度改为律宗道场。宋元丰三年(1080年)诏改为东林太平兴国禅寺。宋朝绍兴年间，东林寺一度圮废元代又改为净土宗道场。明朝洪武、万历年间曾经重修。清代顺治、康熙年间又两次扩修，至咸丰时毁坏甚多。

1979年，随着党的宗教政策的落实，东林寺作为宗教活动场所开放，恢复了以住持为首的寺庙管理体制，果一法师被推选为东林寺方丈。

十年来，东林寺僧人为保护和管理东林寺这座千年古刹做了大量工作。他们在开展正常佛事活动的同时，发扬农禅并重的精神，立足自养，广开生产门路，发展多种经营，取得显著成绩。如夏季炎热，为了给游人香客清热解暑，僧人办了“聪明泉茶水亭”，供应清茶、冰水、汽水等。结合旅游，寺里办起了小卖部、书店、常年书画展览和摄影部。僧人们在果一年师的带领下，将寺后220亩荒山开垦造林，套种西瓜。十多年来，寺里利用国家拨款和劳动所得以及信徒捐献，先后复建了神运宝殿、影堂、念佛堂、护法堂、三笑堂、远公塔院、大雄宝殿等建筑，计4500多平方米，雕塑了各种佛像35尊。现在，建筑面积达一千多平方米的五百罗汉堂已破土动工。这座然一新的千年古迹每年吸引着几十万游人香客。