甘丹寺全寺分夏孜、绛孜两个扎仓（经学院）夏孜扎仓是宗喀巴弟子德布仁布切主持修建的，经常用88根大柱建成，面积近1000平方米；绛孜扎仓是由索朗白桑主持修建的，经堂用84根大柱建成，面积930平方米。两个扎仓分别可容1500个喇嘛同时念经。扎仓下高康村，甘丹寺共有23个康村，每个康要都有一个小经堂，大多为二层楼的建筑，面积都在400平方米以上，一般可容200名喇嘛同时念经。有的康村下面再设米村，米村是寺庙最基层的管理机构，甘丹寺共有20个米村。此外，还有修建甘丹寺的主要施主达孜宗本在甘丹寺修建的高达9层的宫宇以及千计的　（据说宗喀巴3岁学文，7岁出家，取法名洛桑扎巴，系青海宗喀地方（西宁塔尔寺附近）人，成名之后，被众尊称为宗喀巴。他26岁（1372年）启程到西藏深究佛法，先后在许多寺院从名师学习显密教法；25岁获得格西学位；29岁开始讲经授徒；40岁以后著书立说，逐渐形成了他的思想体系。

宗喀巴在15世纪初叶所推行的“宗教改革运动”，除去了以前西藏佛教的一些积弊，而以渊源于阿底峡、创建于仲敦巴、盛行于博多娃的噶当派（也称教戒派）教义为宗旨，所以格鲁派也叫新噶当派。又因为这一教派的僧人都带黄色僧帽，故又称黄教。1409年初，宗喀在拉萨大昭寺前成功地创办了墨浪钦摩大法会，标志着看他在宗教教理方面已经得到全藏僧谷大众的崇奉；甘丹寺的修建，则标起着格鲁教派有了根本道场，黄教已经在“宗教改革”的基础上建立起来。后来黄教终于发展成为藏传佛教最大的教派。喇嘛僧舍和9个辩经场所。

甘丹寺的壁画和雕塑都很精美，保存的文物也不少。除了不面提到的乾隆的盔甲外，还有许多制作精美的丝织“唐卡”，其中很多是明代早期的江苏刺绣，是宗喀巴的弟子释迦也失去南京受封以后，从内地带回拉萨献给甘丹寺的。

但在“文化大革命”时期，甘丹寺遭到了严重破坏，古老的建筑全部被拆毁，只留下残垣断壁，寺内的大量文物也基本上被洗劫一空，连宗喀巴的灵塔也被砸毁，据说上面的一块世界上排第三大的金刚钻也不知去向，只有小部分贵重文物得以保存下来。所以很多其地区的欺诈老百姓很讨厌甘丹寺一带的人，说他们拆了甘丹寺，以后永远也富不起来。

甘丹寺到近年才陆续重修，但规模还不能和原来相比。