大殿三楼西北角的小殿，里面供一巨型强巴铜佛，人称强巴通真，据说这是强巴佛未来临世长到8岁时的形像，深受佛徒们敬仰。 

强巴通真佛的殿门上悬挂“穆隆元善”汉文匾额。匾后刻有两枚图章，其一为“铁木氏”三字，另一刻“琦善之印”四字。琦善字静安，官至大学士，1843年调来西藏任驻藏办事大臣。这块匾额是在他任满调离西藏的道光二十六年七月刻的，即匾前椭圆形图章所说：“道光丙午年的孟秋”之时。  

扎仓是西藏佛教寺院的学经单位，也是措钦以下的一级管理机构。哲蚌寺建成之初，原分多门院、明惠州、广乐院、闻思州、夏郭院、调伏州和密咒院7个扎仓，由绛央曲结的七大弟子各主持一个扎仓的喇嘛学经。后来根据他们的学经内容和籍贯合并成现在的罗赛林、贡玛、德阳、阿巴四大扎仓。扎仓的管理官员是堪布，直属拉基。

 罗赛林扎仓是哲蚌寺最大的扎仓，喇嘛人数也是最多的，经堂由108根柱子建成，面积780余平方米。罗赛林、贡玛、德阳3个扎仓都是以学习显宗为主，而阿巴扎仓则是修习密法的扎仓。它的经堂由48根柱子建成，面积只有481平方米。按照格鲁教派的学经程序先显后密，密高于显的原则，阿巴扎仓虽小，但地位却很高。

 哲蚌寺的周围都是砂石构成的荒山秃岭，不见草木，然而在寺内却有几处树木繁茂的场院，这便是哲蚌寺的辩经场。每个扎仓都有一两个辩经场。辩经场一般选择在扎仓的附近，种上各种树木。主位修有一级一级的辩经台。辩经的时候依次就坐。原则上全寺的喇嘛都可以参加辩论，实际能够登上辩经台的人是不多的。经过扎仓和全寺性的大辩经，优胜者便取得了考取格西学位的资格了。

 解放以后，党和政府对哲蚌寺这一宏传建筑十分重视，每年拨专款进行维修。1962年，西藏自治区筹备委员会将哲蚌寺列为全区重点文物保护单位，加以保护。1982年中华人民共和国国务院又将其公布为全国重点文物保护单位，进行重点保护。