民国十六年（1927），南普陀寺首届方丈会泉法师任期届满，极力推荐太虚继任方丈和闽南佛学院院长，当即推举转逢和尚为代表，往上海敦聘太虚来厦就任。是年5月，太虚应聘来南普陀寺就职。由于他经常外出弘法，议定请转逢和尚都监，在他外出时代为掌理寺务和学院事务。十七年，太虚往南京讲学，并筹备创设中国佛学会。是年秋，会泉法师鼓励并资助太虚出国考察讲学，遍历英、德、法、荷、比、美诸国，宣讲佛学。并应法国学者建议，在巴黎筹设世界佛学苑，开中国僧人跨越欧美弘传佛教之先河。

民国十八年（1929），太虚游历欧美各国归来后，即来厦亲自主持南普陀寺和闽南佛学院事务，并倡议组织思明（厦门）佛教会。在厦期间，积极推行佛教僧制改革，宣扬《建设现代中国僧制大纲》，以倡导“对三宝之诚信产生僧格；以六度之修学养成僧格”。嗣又通过佛教会的组织力量，对厦门一些规戒废驰的寺岩进行整顿。同时又对闽南佛学院的学制和教学内容进行改革，增设研究生部，分立专修科系，由研究生员自由选修。还亲自为学僧讲学，要求学僧要“学行”双修，讲论《僧教育要建立在律仪之上》。并先后开讲《佛学之宗旨与目的》、《学僧佛学纲要》，又以《现代僧教育之危亡与佛教之前途》为题，极力反对士大夫经院式的法师传法的僧教育方式。鼓励学僧要以振兴佛教、昌明佛法为己任，养成刻苦耐劳的体魄和清苦淡泊的志愿，为兴教献身而勇猛精进。闽院经太虚的亲自教诲和整顿，院风院貌焕然一新，进而使学院成为全国一流的典型的佛教高等学府，蜚声中外，造就一批德才兼备的名僧大德。闽院毕业的学僧，遍布海内外，有的从事佛学研究，成为国内外知名的大法师，如印顺论师等；有的住持名山巨刹，成为振兴佛教的栋才，如竺摩大师等。至今有些住持丛林禅院的高僧，犹是当年受太虚亲自教诲的学僧。

太虚在厦门，还经常应各界的邀请，到处讲学，如多次应邀赴厦门大学演讲，主题有《佛学在今后人世的意义》、《世界亚、欧、美佛教之鸟瞰》；为厦大心理学会讲《梦境》，为哲学系师生讲述《唯相、唯识学概论》等。此外，还为双十中学开讲《民国与佛教》；应鼓浪屿武荣中学之请讲述《释迦牟尼的教育》；于中华中学讲《欧、美佛教概况》；为厦门青年会开讲《新青年与救国之道德》；还在蔡吉堂居士的涌莲精舍，多次开讲《唯识十三论》等经学论著。