如此一来，台湾佛教主体性和自主性，当然完全丧失了，整个台湾佛教也变成军方操控的动员工具。当时台湾寺庙的所有僧侣，都被迫接受动员的训练，参与动员、奉公和喊口号。

然而，宗教信仰本来是民众的习俗和个人的精神寄托，虽然可以要求提升信仰内涵，但不能流于军国主义的意识形态的灌输，否则就是信仰破害，也是违反人性的。

所以在战争期间被快速日本化的台湾佛教，因为蒙有军国主义和皇民化的色彩，在战后，日本退出台湾时，便重新面临被改造的下场──由日本化的佛教变回大陆形态的佛教面貌。但，这样的结局，是战争的特殊背景所形成的，并不是改造运动的诸健将，当初所能预料的。

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