日本正和二年，也就是元仁宗皇庆二年（1313年），后宇多法皇下诏关东，邀请一宁入京主持南禅寺，亲询法要。自此，一宁的禅法大行，朝廷官员、贵族及僧俗信徒等，纷纷前来参禅问道。后以老病，屡请退隐，乃潜遁越州。法皇特下书，慰谕使归。不久，一宁日本之行的脚步终于尽步—文保元年（1317年）。年已七十一岁的一宁遗书于后宇多法皇，留下了“横行一世，佛祖钦气，箭既离弦，虚空落地”的偈语，泊然而化。一宁死后，后宇多法皇赐谥“一山国师妙慈弘济大师”之号，简称“一山国师”。又敕将其塔建于龟山上皇庙侧，并亲撰“宋地万人杰，本朝一国师”像赞，以示怀念之情。

一宁访日，阐明朝廷修复中日睦邻友好本意，结束了当时中日之间的战争状态。他留居日本近二十年，为日本佛教界造就了一大批颇有影响的人才。木宫泰彦评论说：“……固高僧也。来日之后，在镰仓、京都张法筵，前后凡二十年。上下之尊信极笃，所住之处，缙绅士庶之随喜者，门庭如市。其及于日本精神界之影响极著。弘安以来，几乎断绝之中国留学，所以能再盛者，全由一宁刺戟而成”。

一宁在日所传禅学法系，为古代日本禅宗二十四个流派之一，号“一山派”。主要弟子有龙山德见、雪村友梅、无著良缘、无相良真、无惑良钦、蒿山居中、东林友丘等。其中雪村友梅最为出名，门下约占一山派的八成。雪村友梅等人及他们的门徒雪溪支山、太清宗渭和太白真玄、万里集九、季琼真蕊等都是室町时期五山禅林中的活跃人物。这些人中有许多曾入元寻师求法，礼拜祖庭。归国后各化一方，为中日文化交流作出了巨大的贡献。民国十四年（1925年），我国太虚法师、道阶法师、王一亭居士等二十二人，于日本参加东亚佛教大会之时，并为一山一宁建立了纪念碑。