明朝洪武二十年(1387年)，朱元璋命蜀献王迎接智润禅师任昭觉寺住持，并扩建寺庙。据清代李羽中霭《重修昭觉寺记》记载：“明蜀献王又拓之，周围墙垣缭绕七百余丈，绀殿绮云，金身撑汉，以致藏阁僧廊，诸天佛祖，莫不宏丽俱备。”崇祯十七年(1644年)毁于兵火。 

清康熙二年(1663年)，丈雪法师在此结茅禅居，筹款重建，先后修建了大雄宝殿、圆觉殿、天王殿、金刚殿、说法堂、藏经楼、八角亭等殿宇，重塑佛像，迎请佛经，恢复丛林大观。康熙十二年(1673年)，佛冤法师任昭觉寺住持，又继建先觉堂、御后楼、五观堂，客堂、钟鼓楼及寮房300余间。佛冤还受清朝政府派遣，深入阿坝、松潘等藏族地区近6年之久，受到藏族群众的尊敬。回川时，藏胞送他乳诲(椰飘)一支、念珠一串。回昭觉寺后他把它的悬挂在大雄宝殿上，以示友好。康熙四十一年(1702年)，佛冤年迈时，派弟子去松潘迎请藏族格西竹峰入主昭觉，成为修复后的第三任方丈。竹峰在寺内设密坛，供蒙藏族喇嘛僧人修持密法。直至今日，藏僧来成都大都住在寺内。康熙四十二年(1703年)，康熙皇帝赐昭觉寺“法界精严”匾额，并题五言律诗一道赞之： 

　　入门不见寺，十里听松风。香气飘金界，清阴带碧空。 

　　霜皮僧腊老，天籁梵音通。咫尺蓬莱树，春光共郁葱。