1936年至1943年，近代名僧虚云和尚驻锡南华寺，筹积款项，相地度势，重建殿堂。总计新建殿堂房宇庵塔约243楹，新塑大小佛像690尊。当时六祖真身像的木龛被白蚁损坏，虚云请出祖师肉身，重新装修。另照阿育王塔形式，重新制作祖师坐龛。龛外塑南岳、青原、法海、神会四像侍侧。当时的南华寺盛极一时，面积从曹溪门到最后的卓锡泉，南北深151丈，由东边寺墙至禅堂西壁，广39．5丈，建筑面积达1．2万平方尺。主要建筑有：中路的曹溪门、放生池、五香亭、宝环门、天王殿、大雄宝殿、法堂、灵照塔、六祖殿、方丈室。左侧依次是虚怀楼、报恩堂、钟楼、伽蓝楼、客堂、待贤楼、香积厨、斋堂、回向堂、回光堂、延寿堂、念佛堂、东贤殿。右侧依次为云海楼、西归堂、鼓楼、祖师殿、云水堂、韦驮殿、维那寮、班首寮、如意寮、禅堂、观音堂、西贤殿。寺东有无尽庵、海会塔，寺后有飞锡桥、伏虎亭、卓锡泉。虚云法师带领僧人严守戒律，遵循百丈清规“一粥一饭，持午因时，一步一趋，悉守仪范。”

新中国成立后，特别是中国共产党十一届三中全会以来，人民政府十分重视文物古迹的保护工作，尊重和保护宗教信仰自由，多次拨款重修大雄宝殿、藏经阁、六祖殿、钟鼓楼及其他建筑。1981年10月19日至21日，南华寺六祖殿重建一新，举行了六祖真身像安座典礼，香港、澳门、广州等地宗教界知名人士意昭、圣一、心明、性智、宽纯等和当地憎俗群众三百多人参加了这一庆典。

近年来，筹集资金一万多万元，新建了禅堂，先后修葺了六祖殿、方丈室、观音殿、大雄宝殿、海会塔、头山门、大围墙。海外佛教徒捐蹭了20多万美元的金箔，对大雄宝殿的释迦牟尼佛、药师佛和阿弥陀佛重新装金，对五百罗汉等诸佛重施彩饰，使这座千年古刹焕然一新。