藏传佛教宁玛派“南藏”传承的著名寺院。在藏传佛教后期，为了弘扬佛教，鲁梅·楚臣喜绕大师从安多地区学经返回卫藏后，于10世纪末，在今山南扎囊县东约20里处的扎柒乡境内创建“太巴林”寺，是为敏珠林寺的前身。

1676年(康熙十五年)，鲁梅·楚臣喜绕的传承后代、第五世达赖喇嘛的经师仁增吉美多杰(德达巴)大师在“太巴林”寺院的遗址上改建和扩建了敏珠林寺，面积达10万平方米，形成了这座著名的宁玛派寺院。第五世达赖喇嘛为改建该寺提供物质条件 。该寺僧人以弘传“南藏”为主，兼传“三素尔”典籍。敏珠林寺在寺主的继承上以父子或翁婿相承。因而在其传承和办寺上具有自己独特的风格。它被公认为是带有佛学院性质的寺院。所以特别重视僧人的藏文化的学习和传播。故该寺是以注重研习佛教经典，文化修辞，天文历算，藏医藏药等知识闻名全藏区的。1718年(康熙五十七年)，蒙古军官才朗珠布下令不许信仰宁玛教，并毁灭宁玛派的所有佛像、佛经及佛塔等。敏珠林的活佛、经师、译师、施主等大都死于教派战乱之中，寺院的佛像、佛经、佛塔等珍贵历史文物也遭到毁灭性的破坏。

1720年(康熙五十九年)，在第七世达赖喇嘛与诸僧俗官员的大为倡导下，恢复信仰宁玛派，并修复各地被毁的宁玛派寺庙。敏珠林寺在吾坚尕桑和吾坚曲扎两位格西的主持下也得到重修，一些流落他乡的老僧重回寺院。

敏珠林寺的主要佛殿为祖拉康，坐西向东，殿前台级两边有小佛龛六个，分别供宁玛派、噶举派、萨迦派、格鲁派祖师像。大门门廊绘有四大天王、轮回图、世界模式图等壁画。大经堂有20根立柱，柱高5.5米或3米，进深六间面阔五间，四壁绘有无量寿佛，绿度母，莲花生像。大经堂内供释迦牟尼佛，堂内正中呈凹字形供铜制十八罗汉像；经堂右前方为白钦拉康，北偏殿为护法神殿，南偏殿为谢耶拉康，供有德钦却珠的银制灵塔；还有镀金释迦狮子的塑像和七种莲花生塑像，德达林巴塑像，正中供《甘珠尔》经书一套。大经堂西壁绘有贡却桑布，坚热思森宁索和绿度母；南壁绘有姑如桑巴瓦(莲花生化身之一)的传记；北壁绘有释迦牟尼和无量佛像。天井西壁上部绘有佛本生故事。敏珠林寺主佛殿供释迦牟尼佛，像高3.9米，左为阿难，右为迦叶。佛陀两边为八大弟子、即舍利子、目犍连，罗候罗，迦旃延、阿那律，富楼那、须菩提和优婆离像，塑像通高3.6米。佛殿门口两边各一尊3.15米高的泥塑护法神像。

祖拉康二层有小佛殿五间和僧舍。德萨拉康供有嘎杰德希曲顶的八佛塔和第九代赤巴贡桑旺杰的银制灵塔等。谢耶拉康主供十六罗汉。白玛旺杰拉康供第五代赤巴白玛旺杰的灵塔。朗杰拉康供有镀金佛像、银制灵塔和手抄本《十万般若经》。祖拉康三层为德钦拉康、内供洛钦·达玛西日像；喇嘛拉康内供贡却桑布与历代师祖及历代达赖像。墙上绘有历代宁珠派著名高僧像，如第一代大师释迦琼乃、第二代大师喜绕扎巴、第三代大师卓普巴、释迦僧格、宁玛派班智达绒松巴·却吉桑波等等。敏珠林寺除主要建筑祖拉康外，还有曲果龙布拉康。第一层为经堂，主供德达林巴镀金像、壁画为十方佛；第二层供镀金十一面观音像；第三层为历代高僧卧室等。

敏珠林寺历史悠久、寺规严密，对佛教的发展和藏族文化的传播起了积极的推动作用，先后出现了不少精通佛法、学识渊博的高僧大德。寺院还收藏了不少珍贵经典、壁画、唐喀等文物。

十年动乱期间，除个别房屋用作公用仓库外，多数僧人的住房和所有大小经堂、佛殿及其供养的佛像、佛经、佛塔等贵重文物再次遭到破坏。

十一届三中全会后，落实了党的宗教政策，该寺又修复开放。寺内现存文物有以银、铜、木、泥等雕塑的佛像，如佛祖释迦牟尼、近佛弟子八大菩萨、马头金刚佛、手持金刚佛、色彩和姿态不一的度母佛；宁玛派著名秘籍法师谷如却旺，莲花生八尊：即谷如释如狮子、谷如莲花生、谷如日光、谷如狮子吼、谷如忿怒金刚、谷如莲花金刚、谷如莲花王和爱慧等；还有镀金镶有室石的佛祖灵塔和各种大小不一的精制佛塔、唐喀、大量经典，印有创建本寺的德达林巴大师脚印的大石板等稀世文物。