小昭寺的名声和规模都比不上大昭寺，也没有那么多有趣的喇嘛讲解。但是周围生活的当地人都很另类，在拉萨和西藏独树一帜。

小昭寺坐落在拉萨古城以北，与大昭寺相距约1千米。相传与大昭寺同时开工，同时竣工，同时开光。

小昭寺占地4000平方米。据说它是由文成公主主持、并由公主从内地带来的建筑师修建的，所以小昭寺的早期建筑系仿汉唐风格。大门朝东，以寄托这位公主对家乡父母的思念。寺庙取名“甲达热木齐祖拉康”，意为“汉虎神变寺”。拉萨当地人管这儿叫做“热木齐”，意思就是“汉人的”。

小昭寺历史上几经火焚，现存的小昭寺的建筑大多是后来重修的，只有底层神殿是早期的建筑，殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风：上面镂刻着莲花，并雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。小昭寺主楼三层，底层分门庭、经堂、佛殿三部分，周围是转经廊道，廊壁上遍绘无量寿佛像。三层楼上过去是达赖喇嘛下榻的地方。小昭寺的金顶也是汉地的歇山式样，以斗拱承托，整座建筑风格也是汉藏合壁。寺内原供奉的释迦牟尼12岁等身像，系文城公主由长安携带进藏，是西藏最珍贵的历史文物，后来在金城公主时期被移至大昭地，而将尺尊公主携带的另一尊释迦牟尼8岁等身像移至小昭寺，成为小昭寺的主圣。

如今这里是西藏曾侣修习密宗的上密院，这是格鲁派僧人修习密乘的地方，上密院堪布兼任小昭寺主持。