民国二十二年（1933），太虚连任南普陀寺两届方丈（兼院长）任满，引退返沪，但仍与厦门佛教界保持密切的联系。二十四年再度卓锡厦门讲学，在佛学会和闽南佛学院，开示论题为《佛学会与实现佛化》、《佛化与现代中国》和《法师与学僧应如何爱护学院》等。鼓励佛学会众会员，要把研究佛学与实现佛化人间的行为结合起来，为振兴佛教做贡献。谆谆教诲学院师生，要爱国爱教，树立为国家为佛教的兴亡而献身的精神。

民国二十六年(1937)，抗战爆发，太虚为抗日救国奔走，呼吁全国佛教徒行动起来，投入抗日救国运动。并首先发表《电告日本佛教徒书》，要求日本佛教徒以佛教“和平止杀”的精神，制止日本帝国主义的侵略战争。同时又通电全国佛教徒，播讲《佛教与护国》的论述，动员组织“佛教青年护国团”，积极参加救护工作、宣传工作以至地下斗争工作。并响应“航空救国”和“伤兵之友”等抗日爱国活动，募资捐款支援前线。二十八年，发起组织佛教“国际访问团”，远赴缅甸、印度、锡兰以及星、马各地，宣传抗日救国，发动各地华侨、华人和广大佛教徒、佛教团体，积极支援祖国抗战。三十二年，与于斌、冯玉祥、白崇禧等著名将领和宗教界首要人物组织中国宗教徒联谊会，呼吁全国各宗教团体和全体宗教徒团结起来，一致抗日。因其积极参加抗日救国活动，抗战胜利后的1946年元旦，国民政府授予宗教领袖胜利勋章。

太虚为现代中国佛教爱国、爱教的僧伽楷模，他不仅为爱国护教做出重大的贡献，而且对培育僧才，整顿僧制更不遗余力。太虚一生创办或主办的僧教育学院有：闽南佛学院、武昌佛学院、世界佛学苑、重庆汉藏教理院、西安巴利三藏院、北京佛教研究院。创办佛教刊物有《海潮音》月刊和《觉群周报》等。组织佛教团体有世界佛教联谊会、中国佛教会、中国佛学会、中国宗教联谊会、世界素食同志会等等。抗战胜利后，受任为中国佛教整理委员会主任、国民精神总动员会设计委员等职。主要著作有《整理僧伽制度论》、《释新僧》、《新的唯识论》、《法理唯识学》和《真现实论》等等。后由其门下弟子编辑《太虚大师全书》行世。

民国三十六年（1947）3月17日，太虚于上海玉佛寺圆寂，荼毗后得舍利子300余颗。厦门分得舍利多颗，三十七年由其皈依弟子蔡吉堂、许宣平、虞愚等为建舍利塔于虎园路半山堂。1984年迁建于南普陀寺后五老峰山顶太虚台上。太虚台前亭后塔，亭中立一石碑，高约2米，上镌当代画家丰子恺为太虚大师造像。造像法相庄严安详，神态栩栩如生。像下有书法大家虞愚题铭，铭志大师住世大德。