《昌化县志》、《龙塘山志》均说，黄檗是在元和年间拿着皇帝给的200两白银兴修此寺的，这种说法可能不太准确。根据有关资料推断，慈云禅寺应该建于宣宗大中元年到大中2年之间，即847—848年。建寺的银子主要依靠化缘和官府豪绅的布施。作为当时全国最有名的大和尚，讨些银子对黄檗来说是并不困难的。根据裴休的笔记，可以知道他曾经亲自去杭州买木材，这个记载和民间流传下来的一些说法也十分吻合。在宁国，人们说起黄檗，并不叫他希运禅师，也不叫断际禅师，而是称为踏木祖师，其因就缘于他在杭州买木头的一则传说。这则传说是这样的：黄檗禅师来到杭州一家木行，老板说：“你深山建寺，山高水险，路远迢迢，不知要购多少，又怎样运去？”黄檗指着系在腰间的带子说：“这带能捆多少，就要多少。”老板一笑说：“就那么一点，毋须说买，我送给你！”黄檗连连道谢，两人随即来到江边。黄檗禅师不露声色，解下腰带，口里念念有词，向那堆木料抛去，结果除了一根沉香木，带子把堆在那的木料全部捆住了。老板被眼前的一幕惊呆了，赶紧表态免费赠送。黄檗跳上木筏，将木料全部从钱塘江边踏下江去，任其沿着江底流淌到千顷山的天池之中，浮出，然后打捞上岸。人们为黄檗的大神通惊服，就叫他踏木祖师。当然，这只是一种传说，但从这踏木采购和其他象木片鱼、豆腐石、讨封皇粮等流传在千顷山的故事里，也可大略知道黄檗化缘建寺的小小端倪。据载，当时建寺规模浩大，各类工作人员多达百余人，最终建成大禅院一座，僧舍及客房99间，并在昌化白牛桥和宁国银峰大塔脚均建有脚庵，铺筑了通往千顷塘的数十里石板山道，沿途还分别建有转洞三处，供香客行人休息。此外，还在千顷塘周围建起龙门寺、车阗寺，龙井寺等寺观。建成后，四方僧侣纷纷来投，香火极旺。现在，古寺、庵亭等景观虽然不见，但许多遗址尚存。

黄檗禅师主持千顷山时间不过一年多时间，大中2年，也就是848年，裴休从江西调任宣州刺史兼宣歙观察使。说到裴休，这也是个很有意思的人，他信仰佛教，可以说是到了入迷的程度。他自号“河东大士”，每每政事之余，就到名山大川寻求佛法。甚至不顾官员体统，穿着僧衣，拿着钵盂象和尚一样到处讨饭。还把已中举人的二儿子送到佛门，并写了首诗记录这件事，说是“他日忽然成大器，人间天上独称尊。”他的儿子也没有辜负他的期望，后来成为镇江金山寺的开山祖师，也就是《白蛇传》中的法海和尚。除此之外，裴休还做了一件更荒唐的事情，让他心爱的小老婆借到寺院许愿的机会，勾引禅师，生下孩子，说是留下一个“圣种”。