在黄檗传教生涯中，最著名的棒喝是用在他的弟子义玄禅师身上。义玄问黄檗：什么是佛法大意？黄檗一句话没说，拿起身边的大棒兜头就是一棒，搞得义玄丈二金刚摸不着头脑。义玄摸摸头又问：师傅，到底什么是佛法大意？黄檗眼睛一睁，又是一棒劈来，如此这般，连打了义玄三棒。义玄很不服气，便离开黄檗去投高安滩头的大愚禅师，大愚告诉他：“黄檗传印心切，都快被你累死了，你还问打得对不对？”义玄于是大悟，赶紧回到黄檗身边，终身再也没换师傅。义玄驻裼河北镇州临济禅院后，将黄檗的棒喝之法不断发扬光大，终于创立了禅宗五派之一的临济宗，黄檗被尊为临济始祖。在佛教界，一直有“一花开五叶”的说法，所谓“一花”就是指禅宗，而“五叶”即是指禅宗所分化出来的沩仰、临济、曹洞、云门、法眼五派，当时，这五派颇有并驾齐趋之势，但南宋以后，除临济、曹洞之外，其他三派逐渐没落，最终全被湮没在历史的滚滚红尘之中了(宁国宗杲就是临济宗宋代传人)。到了现在，曹洞一派信仰者也是寥寥无几，禅宗一系唯有临济大行天下，一枝独秀。顺治十一年(1654年)，福州黄檗寺主持隐元禅师，更是率30位知名僧俗，前往日本开创了黄檗宗。

那么，这样一个空前绝后的禅宗大师与宁国又有什么关系呢？黄檗与宁国发生关系是在会昌5年(846年)。据《景德传灯录》记载，当时，唐武宗李炎独尊道教。他十分宠信道士赵归真，赵归真说佛教是外国传入之教，应予取缔。于是，武宗断然下诏：规定京城长安只留4寺，陪都洛阳2寺，各州留1寺，每寺留僧10名，其余寺院一律拆毁，僧尼一律还俗，同时还派4名御史大夫巡行天下，督促废佛诏令执行。很快在全国拆毁寺院4600余所，僧舍40000多所，僧尼还俗26万，寺院奴婢15万获释，没收寺院土地数百万亩归政府。这就是历史上所谓的“会昌灭佛”。在这样一种特殊的背景下，黄檗在江西洪州实在呆不下去了，只好携弟子楚南(这也是中国佛教史上的一个著名人物)云游天下，经浙江辗转来到昌化与宁国交界的千顷山。黄檗一看，这山风景如画，还有万亩天池，终日碧波荡漾，登临鸟瞰，则见群峰云锁雾绕，林中蜩啾鸣唱，清花欲燃，便隐际于此。时隔不久，武宗因为服用仙丹中毒死了，宦官们便把李忱捧上了皇帝宝座。李忱登基的第一件事，就是废除“灭佛令”，并昭告天下，恢复各地佛教寺庙丛林。黄檗无心再回江西，就在这山上大兴土木，筹建慈云禅寺。