这是因为日本的佛教从早期传入之初，就一直是由统治精英和文化精英所领导和支持的。在明治维新之前的德川幕府时期，佛教僧侣甚至成了统治机器的一部分。到了近代明治维新以后，由于政权统一，僧侣的政治权力被收回，并采取神佛分离的措施，不但将神道的地位抬高在各宗教之上，初期还一度实施“废佛毁释”政策，使日本佛教受到空前的打击。但是，日本佛教的精英，一方面发动舆论据理力争，要求信仰自由平等，一方面向政府输诚，除了捐款之外，还派僧侣随军出征；在此同时，日本佛教各宗亦纷纷进行自身改造，不但办理各级学校教育僧尼，提升彼等的知识分子水平，并且派遣优秀的留学僧，到西方高等学府接受现代专业的佛教学术训练。

如此一来，这些从西方学成归国的新学问僧，不但在知识层面上，领先亚洲其他国家的传统僧侣，部分优秀者，甚至可以在佛学研究上和西方世界的学者一争长短。

于是，彼等不但开创了明治时代的新佛教，也开始向日本之外的亚洲国家输出，并成为亚洲地区现代化佛教发展的先驱和指导者迄今。所以，这无疑是空前的大逆转。

可是，若非日本变成强国，先后战胜满清和俄罗斯，日本佛教势力不会如此快就影响朝鲜、大陆和台湾。因而，日本佛教向亚洲输出，其实是伴随帝国主义的侵略而来的，故具有宗教传播和政治任务的双重性格。亦即，在当时日本的占领区或殖民地，担任亲善和教化，便是日本佛教僧侣必须去进行的两大任务。因而当时日本佛教僧侣所传播的，就不只限于现代化的佛教经验，还要教导当地民众认同日本或成为日本人。

除此之外，在当时来台的日本佛教各派间，其实也存在着各自宗教势力范围要如何扩张和保有的竞争问题。因而也就同时会涉及到如何联络、控制和扩张的经营策略以及异民族不同宗教信仰文化要如何异中求同和最终达成向殖民者宗教文化认同的方法之讲求。

换句话说，虽然日本佛教各派是伴随新殖民的优势地位来到台湾，可是各派在发展上的策略讲求和目标达成之间，还是存在着差异的状况，而这也是研究者必要先加以厘清的部分，否则就无法了解其中的发展脉络了。