换言之，在日据时期，就其官方的宗教行政来说，“祭政一致”即是其施政的总纲；但“政教分离”、“国家神道”被定位为非（宗教），故不在分离之列，则是《大日本帝国宪法》所明定的主要施政原则。所以理解日据时期的台湾佛教史之前，一定要有这样的认识才不致误判历史事实的原有性质。

在另一方面，日本官方的同化政策，虽有缓急之分，但其中两次大战中的“妥协同化”政策，才是台湾本土佛教急速发展并带有相当主体性的主要原因。

可是，在此之前，若无“儿玉、后藤体制”的台湾旧惯调查以及社寺管理法制化的确立，则不可能有其后所谓“日台佛教平行发展”的可能。其后，则是由于1915年“西来庵事件”的爆发以及隔年在台北意外形成教辩风潮的台湾佛教“大演讲会”，才能进一步促使或催化台湾本土“新佛教运动”发展与转型。

不过，从日本官方殖民统治的立场来看，因台湾民众当时已是在其实质统治下的新族群，除非台湾民众能对日本文化和国家真正产生认同，否则彼等是不会对日本殖民政府效忠或臣服的。亦即无论是“内地化”也好或“皇民化”也好，总之同化的问题，早晚一定非解决不可。所以日本在台殖民统治的后半期，亦即从第一次世界大战到第二次世界大战结束这段期间，台湾总督府便着手处理同化的问题，然后逐渐由慢而快。并且，在最后十年间，更推行其所谓“皇民化运动”，顺势将改造的问题推到极端和全面的地步。

当然，这样的快速同化手段，完是反人性的，所以在战后便被废止了。