近年来，密教也开始在澳门传播，出现了金刚乘佛学社、澳门佛教正法明法轮会等密教组织。其中，前者属于西藏密宗宁玛派（俗称红教），全称为“西藏密宗宁玛派金刚乘学会”；后者则主张显密双修。1992年初成立的国际联密佛教慈航会澳门分会，创会者是香港以密宗秘法闻名的陈果齐。另外，还有原属于日莲正宗的国际创价学会，有据说是天台宗传承的佛天法师道场等。

澳门的民间信仰亦很盛行，影响深远，且与澳门佛教的关系非常密切，经常处于相互混杂之中。妈祖信仰、观音信仰是民间传统信仰的两个中心，对其他海神和传统民间神祗的崇拜亦很普遍，而所有这些皆与佛教信仰相互交涉在一起。佛教与民间宗教的相互交涉是澳门佛教的另一个主要特点，这一问题既涉及到民间信仰的起源及在历史上与佛教的相互影响等历史问题，又涉及到当今澳门各寺观庙宇群神共处、一般信众逢神即拜、神佛不分等现实问题。

澳门佛教组织的发展历史可追溯至本世纪初叶。1918年张玉涛居士（观本法师）仿效当时内地的居士林、讲习会等学佛组织，在澳门创立佛声社，招集佛教信众学习佛法，提倡素食。1934年，已于三年前（1931）正式出家为僧的观本法师曾于无量寿功德林组织佛学院。民国时期活跃于澳门的佛教组织有澳门佛教解行学社，又名澳门佛教密严精社。抗战期间，有皈依吕祖的罗浮白鹤观弟子李劲唐（法号若虚；他又皈依西藏多杰觉扰拔师，勤修密法），以其所创的广州梅花村梅花精舍移至澳门大三巴，崇祀圣神、太上道祖、观世音和三宝，修持无极气功，行道密双修之法，成为后来香港崇珠阁佛道社的前身。

现在澳门的佛教组织以及与佛教有关的组织有很多，其中影响较大、活动较多的有澳门佛教总会、澳门佛教青年中心、地藏殿、金刚乘佛学社、澳门佛学社、澳门创价学会等。