澳门佛教的主要宗派是禅宗和净土宗，禅宗中又分为临济宗和曹洞宗两家。澳门三大古刹之一的普济禅院，就是至今保存得很好的曹洞宗寺院之一。

澳门禅宗的另一派别是临济宗。临济宗是禅宗五家七宗中传播范围最广的一家，但不知何故，在以前那么多有关澳门宗教或佛教的著述中，我们竟然没有看到对澳门临济宗的介绍。我们在考察中发现，澳门现有两座临济宗寺院，即竹林寺和药山寺。这两个寺院的历史均不长，但皆与广州的临济宗寺院华林寺有很深的渊源。

澳门佛教的另一重要派别是净土宗，传法道场在菩提禅院。菩提禅院，原名菩提园，亦始建于本世纪三十年代（约1933年），原户主是当时岭南的著名画家罗宝山。一九六四年七月十六日，释智圆法师以俗名李屏祥的名义购入原菩提园的主要部分。经过数十年的苦心营造，到八十年代后期至九十年代前期，菩提禅院已逐渐发展成为有一定规模的、独具特色的佛教寺院。智圆大师是澳门佛教净土宗的创始人。据1989年立的《氹仔菩提禅院碑》称，智圆法师是浙江金华人，1928年于杭州昭庆寺受戒，后来长期在广东弘法。抗战期间自中山石岐徙澳门，初建智心佛堂，为弘法道场，又办莲友互助社以安置老弱，最后购入菩提园加以扩建，使之成为澳门佛教净土宗的重要道场。

位于澳门本岛三巴仔街13号的无量寿功德林，是澳门净土宗的另一重要道场。无量寿功德林多年来禀承传统，勤修净土，念佛三昧，成为澳门佛教女众的主要道场。现有比丘尼四人，即德修、祥信、普持和闻正。

禅宗和净土宗是澳门佛教中的主要派别，而倡导禅净合一、禅净双修则是澳门佛教的主要特点之一，这一特点与中国内地佛教发展的大趋势是一致的。