日本佛教输入台湾的原动力，与前述二系不同。它是日本各派大本山或根本道场对该宗（派）之海外传播计划的一部份。换句话说，日本佛教之来台，是它们有计划的宗教移植。这一现象的推动力，源自它们在国际传教上的业务需要，并不是台湾佛教徒的信仰需求。

信仰日本佛教的人，与其他显教或藏传信徒在信仰上大多不相认同。信仰显教的人，有不少人并不认为在台湾的日本佛教各派确是佛教。而信仰日本各派的人，对一般显密寺院也较少前往参访。在台湾，日莲等系日本佛教的信仰者是自成信仰族群，而不太与汉、藏传信徒交流的。

就各系的特质来看，藏传与南传提供给台湾佛教徒的，主要是修持方法；而日本佛教的独特教义，与强调在家性及时代性的风格，也对台湾佛教的未来，可能会有新颖的冲击。