进入1990年代后，澳门与内地的高僧大德互访频繁，并相互主法和开光。不仅有真禅等内地高僧来澳门弘法和主持法事活动，还有在英国留学的净因、广兴、圆慈等新一代内地法师应邀来澳门弘扬佛法。同时，继现任澳门佛教总会理事长、菩提禅院住持的健钊法师于1980年代到广州从著名光孝寺高僧本焕法师接受禅法后，从澳门到内地受戒、得法的寺僧也有增无减。

在澳门与内地的佛教界之间加强友好交往的同时，澳门与内地的佛教学术文化界之间的交流与合作也出现了前所未有的新景象，在澳门和内地分别相继出版和发表了《澳门宗教》和《澳门莲峰庙与清初鼎湖山禅宗史》、《大汕大师与禅宗在澳门及南海的流播》、《澳门普济禅院藏澹归金堡日记研究》等一批关于两地佛教文化及其相互关系的重要论著，在内地和澳门涌现了姜伯勤、蔡鸿生、章文钦、谭世宝、郑炜明等一批有影响的研究澳门与内地佛教文化关系的学者。特别值得一提的是，在澳门文化学会、澳门基金会、澳门大学、澳门佛教出版委员会和内地的广东省社会科学院、广东省社会科学联合会、广东省历史学会、广东《学术研究》杂志社、广东省肇庆历史文化名城与旅游发展研究会、广东省新兴县宗教局等两地有关机构的大力协作与相互支持下，在澳门和广东两地相继举行了“东西方文化交流——历史与展望国际学术研讨会”、“妈祖信俗历史文化国际学术研讨会”、“慧能与岭南文化国际学术研讨会”和“澳门与中国佛教文化(1900—1949)学术研讨会”等多种形式的有关澳门与内地的佛教文化及其相互关系的学术研讨会。这些研讨会既有澳门和内地的学者参加，还有日本和欧美地区的学者参加，因而不仅极大地促进了澳门佛教文化的发展和澳门与内地间的佛教文化交流，而且也有力地推动了澳门的佛教学术文化逐渐走向国际化。

总之，澳门与内地间的佛教文化不仅在历史上有着极其密切的关系，而且这种关系在最近一百多年来又得到了进一步的发展。澳门佛教文化是中华佛教文化不断向澳门传播和影响的结果，是对中华佛教文化的继承和发扬。同时，澳门佛教文化也以特殊的形式影响着内地的佛教文化，这一点在抗日战争时期表现得尤其明显。因此，近百年来澳门与内地间的佛教文化关系，不仅说明了澳门与内地佛教文化血脉相连，而且也说明了中华佛教文化是架通海内外炎黄子孙之间彼此相互理解与相互信任、共同发展的重要桥梁。