三是学术交流。如一九九八年七月，福建佛教协会副会长、福建佛学院院长学诚法师、福建佛学院女众部副教务长全慧法师、闽南佛学院教务长海如法师与济群法师等应台北法鼓山中华佛学研究所之邀，作为大陆佛教代表团成员前住台湾进行两岸佛学教育交流，学诚法师还作了《两岸佛学教育交流之建议》的发言。与会者参观了法光佛教文化研究所、华严专宗佛学院、桃源县中坜市圆光佛学院、新竹福严佛学院、嘉义县香光尼众佛学院、新竹玄奘大学、台北中华佛学研究所等。一九九九年十月，中国佛协副会长、南普陀寺方丈圣辉法师为团长的佛教教育代表团一行二十人赴台参加第二届两岸禅学研讨会，圣辉法师在会上发表了《略论蕅益大师念佛即禅观思想——纪念蕅益大师诞辰四百周年》论文，代表们还参访了福严佛学院、玄奘大学、圆光寺等十二个佛教寺院和院校。

四是谒祖寻根。特别福建佛教有许多分庭在台湾，解严后，台湾佛教界人士急于返回祖庭寻根。如台湾基隆月眉山灵泉禅寺开山祖师善慧法师在福州鼓山涌泉寺出家，二○○○年四月，现任方丈晴虚法师特莅涌泉寺访祖。

五是参访交流。如二○○二年十月十三日—十四日，台湾法鼓山圣严法师带领有五百多人的参观团，参访了福清黄檗寺、福州西禅寺、福州鼓山涌泉寺、闽侯雪峰寺、莆田广化寺、厦门南普陀寺等。 

六是庆典活动。如二○○一年八月，由中国佛协组团，福建佛教协会会长学诚法师、副会长兼秘书长本性法师、副会长如沙法师等应台湾中台禅寺邀请，赴台湾参加“中台禅寺新建工程落成启用暨佛像升座开光洒净大典”。由于福建佛教与台湾渊源甚深，因此几乎福建每个大的庆典，台湾都有人参加。如一九九六年七月，福州鼓山涌泉寺普法方丈升座庆典，台湾组成以两岸佛教交流委员会主任委员净良法师为团长的台湾佛教界祝贺访问团参加；一九九九年七月，福州西禅寺赵雄方丈升座庆典，台湾源灵法师、莲海法师等率队参加；二○○一年十月，漳州南山寺普法方丈升座庆典，台湾月眉山灵泉寺住持晴虚法师、淡水妙觉寺方丈慧岸法师、台北东和禅寺方丈源灵法师、台北佛教护僧协会理事长莲海法师、新店海会寺住持普忍法师、苗栗县法云寺当家达芬法师等参加。一些著名寺院的建筑落成典礼也有台湾佛教界人士参加，如一九九四年二月南普陀寺举行禅堂落成庆典，台湾佛教界很多人参加；一九九九年六月，武夷山天心永乐禅寺举成大殿落成典礼，台湾佛教界有三百多人参加。 

七是院校交流。闽南佛学院和福建佛学院在海内外佛教界享有盛誉，台湾僧教育也很兴盛，近些年与福建交流频繁。如早在一九八九年二月，台湾圆光寺教务长惠空法师来福建佛学院讲座；一九九○年四月，台湾圆光佛学院院长如悟法师、教务长惠空法师及师生共二十多人来福建佛学院交流。