台湾佛教的派系也大都与福建佛教有密切的关系。清末，台湾佛教经过发展，佛寺遍布，以开元寺、竹溪寺、法华寺等最为著名。二十世纪五十年代前，台湾正统佛教有四大系统，即大岗山、观音山、大湖山和月眉山。这四大系统都与福建佛教有着密切关系，如厦门南普陀名僧会泉曾四次赴大岗山龙湖庵讲经弘法，传授佛事的各种唱念与拜万佛、水陆法事的仪规，并主持了台湾第一次水陆法会。清同治十一年（1872年），福州鼓山涌泉寺僧理明在台北创建凌云寺，为台湾观音山派的大本山。民国元年（1912年）福州鼓山涌泉寺僧觉力到台湾苗栗大湖乡创建法云寺，为大湖山派的大本山。民国十二年（I923年），福州鼓山涌泉寺僧善智、妙密在台湾基隆月眉山谷创建灵泉寺，为台湾月眉山派大本山。

进入二十一世纪的台湾佛教，派系复杂，山头林立，主要如四大山头：佛光山、中台山、慈济功德会、法鼓山；九大门派：大岗门派、月眉山派、开元寺派、法云圆光派、大仙寺派、观音山派、万佛山派、清凉山派、东和寺派；五大团体：国际佛光会、中华佛教青年会、中华佛教居士会、中华佛寺协会、中华佛教护僧协会。这些山头、门派、团体，都与福建佛教的法脉有着千丝万缕的关系。

仅以最具代表性的四大山头为例：佛光山负责人星云法师一九四九年渡台湾落脚于中坜圆光寺，收留星云法师的圆光寺开山长老妙果老和尚属福州鼓山涌泉寺法脉，十九岁时依鼓山涌泉寺僧觉力披剃出家，同年受具足戒后，亲近福州鼓山良达禅师多年，并于一九四八年十月邀请在南洋弘法的福建建宁人慈航法师到圆光寺开办佛学院，收留了一九四九年渡台的祖国大陆学僧，对星云法师等来自祖国大陆的学僧产生了巨大影响，正如于凌波在《慈航法师与台湾佛学院》中所言：“也亏当年慈老在台，“抢救”了那一批祖国大陆学僧，不然，他们走投无门，很可能为生活所迫，走上还俗之途，那将是佛门重大损失，因为那些学僧，以后都是佛门柱石，为佛教做了重大贡献。”中台山负责人惟觉老和尚属虚云法脉，虚云法师出生于泉州，于光绪九年（1883年）在福州鼓山涌泉寺任住持，为近代禅宗代表人物。

慈济功德会负责人证严法师是印顺长老的徒弟，而印顺长老与福建佛教关系更为密切，他廿三岁时依福建古田人圆瑛受具足戒，一九三一年求法于厦门南普陀闽南佛学院，后又任教于福州鼓山佛学院，于一九三二年任闽南佛学院教师，一九四八年厦门南普陀寺举办三坛大戒，被特聘任尊证师，于一九四九年成立大觉讲舍于厦门南普陀寺。一九九四年九月六日，印顺长老回到阔别四十五年之久的南普陀寺，感慨万千，欣然命笔：“感三宝深恩重来此地，见一片光明喜乐无量。”法鼓山负责人圣严法师属圆瑛法脉，正如圣严法师于二○○二年十月十三日访问福州西禅寺时对西禅寺住持赵雄法师所言：“赵雄法师的师傅是明阳长老，我的师傅是白圣长老，明阳长老和白圣长老的师傅都是圆瑛法师，所以我和赵雄法师是师兄弟。”圆瑛法师是福建古田人，出家于福州鼓山涌泉寺，曾于民国十二年（1923年）赴台讲经。台湾的佛教仪礼也大都来自福建，这是因为清代台湾出家人在本岛受戒有困难，于是纷纷渡海赴福州鼓山涌泉寺等大丛林受戒，当时受戒时间为每年阴历四月八日及十一月十七日，鼓山涌泉寺都广而告之，受戒回台后一切佛教仪礼皆依主庙之制。