论述佛学与科学的关系，首先应如实地界定佛学非现今一般人心目中的科学，是具有独特性质的文化体系、社会教化体系。但佛学不但不反对而且相当尊重科学，大乘以掌握科学技术为菩萨化、利乐众生的必备方便，列为般若度的修学项目之一。《华严经·十地品》谓菩萨若不能通彻世间的一切工巧技术，不能证入第五地；佛学尚智重真、真修实证的精神与科学的基本精神相同；因佛学的理论乃系对万有理性的、如实的观察，故科学的许多发现，都可做佛学的注脚，如太虚大师所言：“科学愈发达，佛教的真意愈显”。（《佛学、科学及其它之异同》）当代多门科学的发展，从哲学角度看，表现出某中与佛学遥相接轨的趋势，这些，乃是应该承认的事实。其次，应辩清佛学与科学的根本区别所在，这大略有以下几点：

一、与科学迄今为止以便利生活、增殖财富为目的，以物质现象为主攻方向不同，佛学虽重视科学，在医药等方面也有一定的建树，但其目标主要在生死的超越与社会教化，其主攻方向不在物质而在心灵，如太虚大师所言：“科学是求物质的进步，而佛学是求心灵的进步。”（《佛学、科学及其它宗教之异同》）佛学在自然科学方面实际无多成就，显然不能取代科学。

二、与科学发现系通过以理性整理感性经验、观测实验的途径所得，十分精确不同，佛学虽不乏与科学发现相近的说法，但并非由科学的方法获得，而是通过禅思修证开发的天眼智等超常能力直观而得，且经过长期传写，只能是大略近真，不及科学描述之精确，也不应将它作为科学结论看待。

三、与科学成果可以拿出来供人使用，因而能强迫一切人接受其观念不同，佛法的成果，只有各人自觉按佛法所示之道修行，方可证知，其证知也多分为主观的体验，因而较难于强迫一切人接受。而且，佛法之修证，须有解脱的自发需求对佛法的确信，“信”被强调为修证佛法的前提及“道元功德母”。这使佛学从表面看来与怀疑为前提的科学有颇大的差异。

四、与科学以肯定意识之外有一实体世界的实在论为出发点不同，佛法以缘起论为哲学出发点，认为有离心独存实体之实在论乃是不如实的执着，必须破除。

五、与科学相信理性能认识一切、以观测所得感觉经验为素材不同，佛学首先用缘起法则考察理性和认识，认为感觉经验（相）具主观性、相对性、虚妄性，以感觉经验为本的语言概念（名）是人造符号，以感觉经验及语言概念为工具的理性思维，及其二元化的认识方式，不可能到达绝对真实。应以理性如实检验理性自身，发现其极限，以此为桥梁，通过修行开发超感觉、超理性的般若智慧，方可证知绝对真实，获得绝对自由。

六、与科学由穷研物质、征服自然以获得主宰世界的自由不同，佛学认为向外逐物，不可能证知绝对真实、获得绝对自由，只有如实观测世间最为灵妙、起主枢作用的自心，如实知自心，方能证知绝对真实而获得永恒幸福、绝对自由，这是实现人类文明终极目标的捷径。

佛学与科学的这些相异，只是就当今科学大体而言，并不是绝对的。科学并非独究物质，对心灵也越来越重视，科学的哲学观和方法在不断发展；科学的终极目标，亦指向全人类的永恒幸福、绝对自由和证知绝对真实。科学与佛学同趋一轨，在未来社会并非毫无可能。