胡适、黄宾从当时流行的“科学宗教冰炭不相容”的非宗教观点出发批评王季同，判佛教和所有佛教徒的根本立场为迷信，态度过于偏激，有失学者气度，他们对佛学的理解也相当肤浅片面。但他们的批评，也抓住了王季同文章中的一些漏洞。面对非宗教的时代思潮，论证佛教与科学、与辩证法这样重大严肃的问题，应力求客观严谨，仔细辩清佛学与科学的同和异，措辞稍有偏激，便容易引起不必要的诤讼。

“佛法是科学”的论断及以科学释佛学之举，不仅为一些教外非宗教、反宗教者所反对，也为不少教内人士所不赞同。“佛法非宗教非哲学非科学”，乃当时教内外相当流行的一种说法，欧阳竟无居士等即持此论。王守益等以物理学解释佛学，受到信仰佛教，懂科学的黄明德博士（陈健民弟子）的批评。黄明德在《论空性不能译成波函数》一文中，认真检讨了空性和波函数各自的特性，通过比较，说明波函数虽在主客一体、全体周遍性、不可测性、不可得、假有、兼容性、不确定性等性质上与佛法所说空性相似，但若进一步比较，便会发现这些相似之处也不尽相同，而空性最重要的无得、离知见解会身心意识、不可思议、无我、正量、形而上、大悲等特性，乃波函数所不具，因为心物本非对立。故物理研究所知波函数等，固然会显现出一些与空性相似的地方，“然而相似并不可以为就是”，如镜中人影毕竟不能当真。黄明德还撰有《论空性不能译成能量之理》，对尤智表等以空性为能量的说法进行了批评。文中通过比较，说明能量与空性虽有若干相通之点，但在主客合一与对待、周遍与局限、不可度量与可度量、可逆与不可逆、本质一元与多元五点上，大不相同，能量与空性的相通点也并非能量所独有，“所以不能把空性当作是能量来论断”。但空性也不能舍弃了能量，并非能量之外的空。用科学知识解释佛法，若只当作权宜之说，未尚不可，但不可以为是究竟的方法。佛学与科学，在目的和方法上毕竟不同。

李长俊《论科学的精神与佛学的精神》（《现代佛教学术丛刊》63册）、吴锐坚《论科学与佛学的异同》（《内明》153期）等文章，对佛学与科学的异同作了较为深入的论析。李、吴二文观点大致相近，都认为佛学与科学是两个不同的体系，各有其独特的目的和方法，不宜轻易混同。探讨二者之关系，须先对什么是科学作出界定。李文指出，今人通常谈的科学，实际上是“科学的”而非“科学”，所谓科学，大抵应包括科学的观点（即态度）、科学的方法、科学的对象及科学的结论（或成就）。吴文总结科学的基本性质为可印证、互为主观、怀疑的、累积与系统性四点，而最重要的应是科学的精神和方法。若仅着眼于结论之皮相，抓住佛经中一些说法如人身中、一杯水中有八万四千虫，佛观阎浮提如掌中庵摩勒果等，便说佛法符合科学，未免过于轻率。因其非如科学方法那样通过常人的共同经验和理性观察研究而得出，故不能说成是科学的结论。一个凡夫佛教徒仅根据经论便相信人身是虫窠、相信六道轮回、极乐世界，其态度显然是非科学的，至于佛教与科学在目的、哲学观上的区别，更是显而易见。为弘扬佛法而跟在科学的屁股后面迎合、附从科学，未必对佛教有利。然而，说佛学在态度、方法上非科学，并非贬低佛学的价值，更非说“非科学便是迷信”，“佛学的价值不应单以与科学相合之程度来作出评估”，科学也称不上堪以评价一切的唯一价值尺度。