日本在台殖民统治后期，因日本军阀发动在大陆的全面侵略战争，而进入所谓“皇民化运动时期”。随后又因偷袭夏威夷群岛的珍珠港，成功地摧毁一些美国的战舰及相关军事设施，但也导致美国的对日作战而进入所谓大东亚或太平洋的全面战争。最后，日本无敌舰队被击毁，本土遭两颗原子弹的毁灭性袭击，于是昭和天皇正式宣告失败，向盟军无条件投降。1945年时，台湾统治权已由日本归还，长期在台居领导地位的日本教各宗僧侣，自然一并撤回日本。并且在1949年底时，国民党在多年的内战失败后，便大举迁徙来台──其中包括对日本化佛教素有敌意的不少逃难来台的大陆僧侣在内。

另一方面，中国国民党政权，自1949年起，在台实施长达38年（1949-1987年）的戒严体制；直到八十年代以后，因在野政治势力已成气候、本土化也逐渐成为潮流，因而不得不宣布解严，进入比较民主开放的阶段。

但战后长期（前后达38年之久）的军事戒严，对本土文化的忽视与摧毁，已使台湾佛教的发展形成另一次的扭曲。──事实上，在台复会的中国佛教会根本没有足够的全国代表性，却长期垄断台湾地区的传戒特权，藉以赚取丰厚的信徒供养和建立教内的领导权威，于是形成教界的势力山头和享有社会虚名的佛教大师。

虽然如此，这些热衷传戒的佛教大师，不但后来本身的操守受到教内的质疑和批评，在佛教教育和学术的提升方面，也是乏善可陈。

在佛教观念方面，除了高举传戒至上和爱国忠党的大旗之外，可以说和现代社会脱节，遇有不同的佛教观念或较新的佛教思想，即横加反对。包括高执德（台南开元寺住持证光师）的被枪毙、李添春的被警告、林德林的被排斥或释如学禅师的长期受困等，都是使改革者寒心的著名例证。

即以在日据时期有“台湾佛教马丁路德”之称的林德林来说，他在战后面临的最大危机就是当时所谓“去日本佛教化”的强烈呼声，所以处境日愈艰难；并且，当时他尽管有名僧巨赞（1908-1984年）在1948年访台时，对其热心办学相当称赞和正面肯定的部分，但包括和他相交已久、当时也逃难来台于新竹定居的改革派健将大醒（1899-1952年），对其才华和智慧都极为赞赏，此两者依然不以他的日本化佛教为然。例如1951年10月22日林德林过世时，大醒所送的挽联内容即是：