闽台佛教关系极为密切，正如连横在《台湾通史》中所言：“佛教之来，已数百年，其宗派多传自福建。” 
台湾庙的创建，与福建人积极参与分不开。台湾早期几乎所有著名的寺庙都与福建人有关。台湾寺庙始建于明代。泉州禅师肇善因在台福建移民不时烧香祈平安，即从晋江安海龙山寺运去一尊唐代观音铜像，并于南明永历七年（1653年）在台湾鹿港创建了龙山寺，以奉所运供的观音铜像。清乾隆十八年（1753年），仿晋江龙山寺之模式重新扩建，至乾隆五十一年（1786年）建成。郑成功收复台湾后，不少福建移民迁居台湾，促进了寺庙的建造。郑氏三代皆敬重佛教，也修建了许多寺庙。

清代，流入台湾的福建僧人移民创建了大量的寺庙，如康熙初年，厦门僧人华荣于基隆河左岸大直山麓建造了茅屋，称观音寺，后被多次改建和重建，成为台湾著名的剑潭寺。康熙十四年（1675年），福建僧人参微在台湾嘉义创建了碧云寺。康熙五十八年（1719年），福建僧人一峰在台湾承天府东安坊募建西堂和僧寮。乾隆三年（1738年），泉州一带移民在台北艋舺兴建龙山寺，民国八年（l919年）由厦门去台僧人福智集资再修，不仅成为全台湾最为壮丽的寺院，也被称为东方最华丽的寺庙，惜毁于战火。

随着清代大批福建移民进入台湾，台湾又建造了许多寺庙，如位于福建福清黄檗山主峰绦节岭山麓的黄檗寺，为莆田僧人正干于唐贞元五年（789年）始创，后经希运、义玄等高僧传法，至宋时宗风大盛，黄檗山成为临济宗道场。清顺治十一年（1645年）黄檗山住持隐元在郑成功帮助下东渡日本弘法，后黄檗派也传入台湾，左营守备孟大志于康熙二十七年（1688年）于台南燕子建造了黄檗寺，后因无人整修而荒废。位于台南的开元寺是台湾现存最古老、最著名的佛寺之一，第一位住持来自福建泉州的志中，后任数位住持中有六位到福建学习佛法，此寺初名海会寺，后仿效泉州开元寺等起名法，以唐开元年号为寺名。僧人大多数是郑成功的遗臣，因不愿降清而入寺削发为僧。位于台湾台南县枕头西麓的大仙寺，建于清康熙四十年（1701年），最初为福建僧人参切在此结茅而居，康熙五十八年（1719年）始改为庙字，后历经多次重修扩建，规模不断扩大，现已成为台湾南部佛教中心，为台湾最大的佛寺。