贞观五年（631年），唐太宗第一次开示佛骨。佛指舍利的重现，掀起了一股崇佛热潮。显庆四年（650年），宫廷主持佛事活动的僧人智悰、弘静向高宗建议再示法门寺佛骨，高宗敕准前往开示，并赐钱五千、绢五十匹以充供养，后又赐绢三千匹作为造佛像、修宝塔的资金。佛指舍利再现人间时，道宣律师目睹手摸，他这样记述：“如小指初骨，长寸二分，内孔正方，外楞亦尔。下平上圆，内外光净。余内小指于孔中，恰受。”这就是1987年4月在法门寺塔基地宫发掘的四枚舍利中的一枚。当年高宗将这枚舍利迎请到皇宫里供奉，武则天舍物布绢一千匹，“为舍利造金棺银椁，数有九重，雕缕穷厅”。直到龙朔二年（662年）才送回法门寺塔中，这次迎佛骨是时间最长、规模最大、奉献最多的一次。873年，唐懿宗第七次迎佛骨。迎接仪式极为隆重，执幡仪仗约万，瞻礼仕女僧尼如潮如流歌舞管弦和梵诵之声沸天盈地。懿宗亲自出迎，向佛骨顶礼膜拜，将佛骨“迎入内道场，即设金花帐、温清床，龙麟之席，凤毛之褥，兢兢业业玉髓之香，荐琼膏之乳”，以作供养，“宰相以下竞施金帛，不可胜数”。当年，懿宗出世，次年爆发了黄巢起义。873年底，僖宗昭令将佛骨送还法门寺。次年正月初关闭了塔下地宫石门。比此，佛指舍利再没有闻世，所藏供奉器物也成了千古之谜。

五代至宋时期，法门寺佛事萧条，修葺很少。明朝隆庆三年（1569年），关中大地震，法门寺四级木塔崩塌。万历七年（1579年），由士绅杨禹臣倡导在民间集资，历三十年修成了十三级宝塔。塔为八棱形，高47米，整个塔体为仿木构式砖塔。第一级上方八面分嵌“干、坎、艮、震、巽、离、坤、兑”八字，以示八方，东、南、西、北的塔门上分别刻有“浮图耀日”、“真身宝塔”、“舍利飞霞”、“美阳重镇”。第二层到最高一层，除塔顶为覆钵开铜制塔刹外，每层八面各有一门洞，每洞置一铜佛像，共88尊。塔上门洞内还藏有经书、铜器。整个宝塔高峻 挺拔，以拔地出世之雄姿矗立在茫茫周原上。

清朝几次对法门寺进行修整，次第建起大雄殿、大佛殿、西佛殿、铜佛殿、浴佛殿等。到民国中期，法门寺的布局为“中轴线上有山门、铜佛殿、真身宝塔、正殿等主要建筑，两侧有鼓楼、钟楼、睡佛殿和禅佛殿。1939年，华北慈善会会长朱子桥先生集资对宝塔进行了加固，并请大乘和尚住寺。1949年后，法门寺先后由良卿、常惠、惠民、澄观等法师主持寺务。1956年，陕西省人民政府将法门寺真身宝塔列为省级第一批重点文物保护单位。1966年，“文革”的热浪也席卷到法门寺。百余名红卫兵入寺打砸佛像及法器，试图拆毁殿宇。寺僧良卿法师不忍看古寺毁于一旦，毅然架柴自焚以示抗议。红卫兵被良卿的行动所震撼，一无所获地撤了出来，稀世奇珍法门寺地宫才得以完整地保存下来。1979年以来，政府拔款重修了大佛殿、铜佛殿、西方三圣殿和钟鼓楼，使千年古刹焕然一新。