他认为佛教是“唯一的根本的真理，又是唯一的合理的宗教，又是实证哲学，又是应用科学”。对于佛教与社会科学的关系，王季同是下了大力气论证的，其结论是“佛教是彻底的辩证法”，并认为黑格尔的唯心辩证法与马克思的唯物辩证法都不如佛教高明。对于社会科学家们对佛教这样“唯一的合理的宗教”的批评，他颇为不满：“社会科学家与哲学家却把宗教归在他们底研究范围里，他们看自然科学家发见太阳中心推翻旧说等，很眼红，想依样画葫芦，也来出出风头。他们本怀疑宗教全是迷信，想推翻宗教，可是他们并没有这种武器，只好拾一些自然科学家底唾沫做他们底法宝。关于佛法，他们更认不得，只是戴着宗教二字底帽子就也不得不在推翻之列。可是别的宗教受了他们底委屈，还没法见到他们，至于佛法，所用的工具方法，因明与现比二量尤其用在社会科学与哲学上，不知要比他们所用底方法精刻多少倍，他们想推翻佛法，实在太不自量了。”

社会科学不能推翻佛法，那么自然科学呢?王季同说：“佛法圆融，实在不是其他宗教和近代的西洋哲学所可比拟，也决非科学知识所能推翻。”他还把佛法比做黄金，把自然科学比做一块试金石，来说明佛法是真金。从上面王季同的这些论述，我们不难看出，他是通过贬低社会科学来抬高佛法，通过对比自然科学来肯定佛法。

那么，王季同是怎样用自然科学这块“试金石”试出了佛法这块“黄金”的呢？首先，他认为佛法是应用科学。他指出科学分为纯粹与应用两大类。纯粹科学“主要地只是探求真理”，比如物理学的研究原子构造，纯粹科学与人的生活几乎没有直接的关系。而应用科学如农学、工学、医学却与人类生活有着密切关系，“更有训练理智底特别效用”，所以佛法是应用科学。而佛教修习“定”、“慧”的方法特别是禅宗的“参话头”方法，在他看来也与科学家研究科学所用的方法“一般无二”，都是先提出一个个问题，再用心思考。

至于佛教教义，更是有“许多地方和科学不谋而合”，二者不谋而合之处集中在生理学、物理学、天文学等领域，其具体情况如下：佛经上讲一切事物都有生、住、异、灭四相，这与物理学所说的一切现象都有发生、发展、消灭这几个阶段的意思相同。佛所说的一切事物刹那生灭，前灭后生，持续不断，这又“与物理学中光线，声音，热能，无线电，X线……等底波动很相类”。不仅如此，原子内部的电子围绕原子核高速旋转，也是一种刹那生灭。这种刹那生灭持续进行，使原子能够保持其稳定的物理化学特性。“可见某原子之所以为某原子，实在全靠大乘法相宗底种现刹那生灭，这是一件佛法与物理学不谋而合的奇特事”。