出狱后的慈航法师，环岛弘法，为抢救僧宝而呼吁，这感动了汐止的达心与玄光两位尼师，被接往静修禅院居住。后来，在赵恒惕居士等人的帮助下该院又建造弥勒内院于后山，供慈航法师居住与弘法，分散各地的学僧也纷纷聚来依止，求学热情高涨，一时之间，弥勒内院成了抢救僧宝的大本营，也俨然成了台湾佛教的教学中心。当时弥勒内院的授课，每日6小时，主要内容有《楞严经》、《楞伽经》、《法华经》、《华严经》、《成唯识论》、《大乘起信论》等，还教授因明学。主要参考书有：《圆瑛法汇》、《太虚大师全书》、《谛闲大师遗集》等。绝大多数课程都是由慈航法师亲自担任，其工作量之大，由此可知。这也可从他的日常时间安排表上看出：晨5–6:30诵经礼佛；7–8时读英文；8–9时讲经；9–10时讲经；10–12时编书；午睡后，2–3时讲经；3–5时讲经；5–6时编书；晚上8–9时讲经；9–10时编书；10时以后，礼佛静坐就寝。但他不为所苦，乐此不疲。1952年9月19日观音诞，慈航法师于内院入法华关，作第三次闭关，但仍于关中透过窗口继续为学僧授课。

1954年5月6日，即农历四月初四，下午10时10分，勇猛精进一生的慈航法师于弥勒内院法华关中安祥圆寂，入塔后山，时年60岁，僧腊42年。1959年5月19日，弟子们开缸检视，惊现“肉身不坏，袈裟完好，面呈紫色，眼睛发亮，耳鼻口俱全，唇尚软，身肌尚有弹性，且长出头发与髭须，眉毛亦长了许多。”后被装金，迎归弥勒内院安座供养，成为中国台湾省首尊全身舍利——肉身菩萨，人称慈航菩萨。