康熙五十九年陈文达等篡修的《台湾县志》所载：黄檗寺中前祀关帝、后祀观音三世尊佛；法华寺前殿祀火神；宁靖王故居改建之“大妈祖庙”后有禅室、有僧住持；观音堂原为武帝庙，康熙末改祀观音；鹿耳门妈祖庙前殿祀妈祖、后殿祀观音，“两旁建僧舍六间，僧人车之以奉香典，而‘乡厉坛’（台湾县民所建）则前祀厉鬼（大众爷），后祀观音”。明显地呈现儒、道、释三教杂处融合的现象。

台湾之白衣佛教，又称斋教，由佛教支派产生，属于佛教优婆塞、优婆夷之在家二众。设教所在称为斋堂不称寺院，有龙华、金幢、先天三派之别。斋教之信徒：其持斋修行者，有四种于下：

1.受戒者：毕生素食，俗称长斋。2.信戒者：朔望日及农历初一、十五，或三、六、九日素食，又曰花斋。3.祈安者祈愿中素食。4.信心者：每朝素食，称半斋，俗称早斋。

总之在清朝治理台湾的这段时期（1683─1895），佛教在台湾的发展特色呈显出“正信佛教”与“拟似佛教”（“白衣佛教”）混同发展的态势。亦即，一方面配合着交通安全的时代背景（渡海来台、拓荒开垦）以及消灾解厄、接引西方的宗教需求，使得佛教混合着一般拟似佛教，而成为台湾社会一种“生活性”的（民间）的宗教信仰。另外，此一阶段（包括清末、日据时期）台湾佛教本身也形成几个主要的流派（宗师），像是：“台南开元寺派”（传芳、玄精）、“苗栗大湖法云寺派”（觉力、妙果）、“基隆月眉山灵泉寺派”（善智、善慧）、“高雄大岗山超峰寺派”（义敏、永定）以及“台北观音山凌云禅寺派”（宝海、本圆），同时，这些流派均与福建鼓山涌泉寺有深厚关系渊源（闽南佛教），在传灯法脉上属于禅宗，并且这些宗派的开山祖师或中兴祖师均为本省僧侣，而这也是台湾佛教走向独立的开始。