1895年日本侵占台湾后，日本佛教曹洞宗、临济宗、净土宗、净土真宗、真言宗、日莲宗、天台宗和华严宗等8宗12派纷纷派僧侣到台湾布教。在政治压力下，台湾原有的中国系统佛教被迫归属日本佛教系统。僧人全加入禅宗，曹洞宗和临济宗妙心寺派各半；居士一部分加入禅宗，大部分加入净土宗和净土真宗东、西本愿寺派。1922年4月4日，成立了名为民间团体，实以日本官员为会长的全台性佛教组织―“南瀛佛教会”。1937年“七七”事变后，日本在台推行“皇民化”政策，规定凡未归属日本佛教的寺庙、斋堂都改为神社，佛寺器物、制度、仪轨均仿效日本，造成台湾佛教彻底日本化的局面。
1945年台湾光复。1946年10月“南瀛佛教会”改名为“中国台湾省佛教会”。1947年5月，中国佛教会在南京复会，台湾省佛教会成为其分会。自那时起，特别是1949年以后，大陆一些著名佛教人士陆续到台湾弘法，恢复传戒，整饬僧团，扩建道场，培植僧材，使台湾佛教面貌有了巨大的改观，重新确立了中国佛教的正统地位，并逐步掀起一场令其他宗教瞠乎其后的“佛教复兴”运动。
