根据何联奎博士的《台湾风土志》之记载，荷兰人占领台湾时，来自大陆的移民已有十万人，当时所开拓的地域中，最繁荣的，就是安平城，也就是现在台南市的中心。郑成功攻台时，所率的兵员有两万五千人，后来，士兵们的眷属也随着来台。此后陆续来台的，有沿岸地带的残民，至于其数目有多少，已无正确的数字可稽。郑成功在台湾致力建设，使台湾日渐繁荣，这种现象招来了更多的移民。由此推测，佛教很可能随着移民一起传到了台湾。根据当今台湾史学家的考察，台湾最早的寺院是小西天寺，大约建于1662至1665年之间。这座寺院现在称为竹溪寺，位于台南市的南溪畔，溪水因为流经盐埕村落，故通称为盐埕溪，但是后来又改称为日新溪。这条溪水通过寺院，最后流入台江。关于竹溪寺的建立，沈光文的诗就是最好的证据。那是一首七言律诗，诗云：

沿溪傍水便开山，我亦闻之拟往还，

一日无僧浑不可，十年作客几能间，

书成短偈堪留寺，说到真虚欲点顽，

正有许多为政处，仅将闲念付禅关。

诗前还加了短序，内容为：“州守新赠僧舍于南溪，人多往还，余尚未及也。”沈氏比郑成功更早到台湾，根据史书的记载，沈氏乃明末的太常博士，司掌宗庙仪礼之职。

明朝崩溃之际，沈光文即随沈宸荃等人一起坐船向南逃亡，在围头洋遇到了台风，沈光文一家飘流到台湾之北，而沈宸荃一家则下落不明，此事发生于1651年（永历五年）十一月。1662年，郑氏攻入台湾时，特以三顾之礼去聘请早他渡台的沈氏进安平城。由这些资料，我们可获知沈光文早在郑成功之前十一年就入台了。由此诗的内容看来，竹溪寺的建立，最晚也是在郑成功入台之后。在此诗被发现之前，一般人皆认为最古老的寺院是弥陀寺。日据时代，台湾总督府于1916年所编集的《台湾名胜旧迹志》中，也采用此说。相传弥陀寺是郑成功之子郑经，有鉴于台湾尚无佛教寺院而建立的，后来许多史学家都相信此说。1921年出版的连横之《台湾通史》，亦云：“当是时东宁初建，制度渐完，延平郡王经以承天之地，尚无丛林，乃建弥陀寺于东安坊，延僧主之，殿宇巍峨，花木幽邃，犹为郡中古刹。”因为这种说法很早就出现在史书之中，自然也就成为台湾佛教史上的通说，不过，在沈光文的这首诗发现之后，这种说法应该作更改才是。经过台湾省文献委员会委员卢嘉兴的考察，沈氏撰此诗的时期，大约是在1662至1665年之间，最迟也不会晚于1666年（康熙五年）。总之，这所寺院的建立，应是在郑成功渡台之后一两年，而且，我们尚可推断在建寺之前，佛教信仰早就传入台湾了。