清康熙初年，可闻和尚再建，其法嗣照圆和照玉、照端、照元“负石运米二十年”，方告成功。照圆四人也被称为“卧云四友”。庵建成后，康熙皇帝赐诗道∶“何处问津梁，行行到上方。天香飘广殿，山气宿空廊。”算是褒奖。后又遭两次火灾，清代重建则改为铁瓦作盖。一九五八年，“大炼钢铁”，庵上所盖铁瓦全部被拆下运往重庆钢铁公司冶化。

现存卧云庵已是清末建筑，建筑占地面积达一千六百平方米，为全木结构重楼(正殿为三重楼)悬山顶四合院式寺庙建筑，由弥勒殿、观音殿、玉佛殿及厢房组成。庵内外匾联众多，其中“卧云庵”门匾和“地阔峨眉晚，山高岘首春。”门联是著名画家吴作人的墨宝。