萨迦寺被称之为“第二敦煌”，其典籍、文物、壁画的丰富和珍贵，世界罕见。全寺藏书四万余卷，仅大神宝殿后壁的一个木制书架，就长57.2米，高11米，宽1.3米，共有书仓464个，堆集了数以万计的经卷。最珍贵的是《布德甲马龙》大藏经，长1.8米，宽1.03米，厚0.67米，这部巨著对西藏的宗教、历史、哲学、文学、农牧业等都有论述。寺内还珍藏了21部贝叶经（原有100多部），每张叶片上用梵文写满佛经，还绘有四幅彩色插图，每部厚达一、二百页。寺内还存放着众多历代皇帝赠送经萨迦法王的古瓷器、玉碗、镀金菩萨、盔甲、战刀、法器、螺号、马蹄式龙袍、皇靴、印章、唐卡以及锦织品等许多珍贵文物。萨迦寺的壁画堪称一绝，可谓集西藏壁画之大成。壁画内容有连续的佛教故事、萨迦历代法王画像，尤以八思巴会见忽必烈、萨迦寺建设场面等最为宝贵。这些壁画笔法粗犷，素雅鲜活，画工精细，构图富于变化，是难得的艺术珍品。