措钦大殿位于该寺东部，康熙四十八年(1709年)，由清朝册封的“翊法恭顺汗”拉藏汗兴建，面积1092平方米，由108根大圆木组成，可供5500僧众聚会诵经。4层殿堂，大殿主供强巴佛(未来佛)和释迦也失塑像，各柱及殿堂饰有幛、幡、宝盖等珍贵装饰。殿内设置有堪布、活佛、翁则及僧众的不同座次。措钦大殿内的罗汉堂供有明朝皇帝赐给释迦也失的擅香木十八罗汉像，文殊殿内收藏有明永乐八年(1410年)印制的108函大藏经；观世音殿内收藏有金汁缮本《甘珠尔》和《丹珠尔》经。殿堂墙壁上绘有释迦也失两次到内地朝觐、受封及从事宗教活动的壁画；记载了西藏地方和中央王朝的臣属关系及各民族团结共济的史实。

色拉寺大经堂内景

据载，色拉寺在建寺前，色拉乌孜山腰有宗喀巴和贾曹杰、克珠杰两弟子的修行洞三座。宗喀巴修行洞居中，面积约6平方米，二弟子侍列两旁。后两弟子为了报师恩，将宗喀巴的修行洞维修扩建成为一修行殿，称“色拉孜惹坠”，意为“色拉山修行院。”色拉寺东北山腰上的“曲顶岗惹坠”也传为建寺前的建筑。5世纪初，宗喀巴在此修行并校注了许多佛经，编著了不少著作。这两座建筑都是色拉寺的重要组成部分。