南院的主体建筑是罗汉堂，始建于清道光年间，咸丰二年(1852)毁于兵灾，光绪二十一年(1895)重建，1902年完成，至今有二百年历史。民间有句谚语：上有宝光(成都)，下有西园(苏州)，北有碧云(北京)，中有归元(武汉)。是说这四个寺院的五百罗汉堂是最具代表性的，是佛教塑像的精华。中国汉地佛教供奉五百罗汉是从五代时开始的。当时，吴越王钱氏在天台山方广寺造五百铜罗汉。五百罗汉的名号，最早见于五代的《复斋碑录》，惜今已不存。另有南宋绍兴四年(1134)，高道素所录《江阴军乾明院罗汉尊号碑》，将五百罗汉一一起名造姓。归元寺的罗汉堂布局成“田”字型。四个小天井给庞大深邃的殿堂提供了良好的通风和采光条件。罗汉依“田”字排列，殿堂里尽管安放了五百多尊塑像，却没有拥挤之感。这种建筑格局既巧妙又合理。这里的五百罗汉是湖北黄陂县王代父子用九年时间塑成的。黄陂至今是湖北的雕塑之乡，有悠久的泥塑传统，技艺娴熟，艺人辈出。据《归元丛林罗汉碑记》，归元寺的五百罗汉，是以南岳衡山祝圣寺的五百罗汉石刻拓本为依据，进行加工提炼，创造而成的。工艺上采用“脱胎漆塑”，又称“金身托沙塑像”。先用泥胎塑成模型，然后用葛布生漆逐渐沾巾套塑，称为漆布空塑，最后饰以金粉。它的特点是抗潮湿，防虫蛀，经久不变。两百年间罗汉堂几次受水灾侵袭，但水退后罗汉仍完好无损。

走进罗汉堂，无不被它们的生动形象所感染。只见有的盘腿端坐，有的卧石看天，有的研读佛经，有的驱邪除恶，有的勇武，有的温良，有的天真憨厚，有的饱经沧桑，个个惟妙惟肖，活灵活现。如第463尊罗汉是陀怒尊者，周围有6个童子，为罗汉挖耳，掩嘴，遮眼等，称“六戏弥勒”。“六”即眼、耳、鼻、舌、身、意。它告诫佛门弟子，不要为凡情所染。塑像中把孩子的天真烂漫，娇稚顽皮和罗汉的慈祥憨厚的神态刻画得淋漓尽致。“数罗汉”是人们游罗汉堂的趣事。据说我们任意从一尊罗汉开始，顺下数完自己的现有的年龄，这最后一尊罗汉的身份、表情和动作，便可昭示数者的命运。这一活动为人们参观罗汉堂增添了不少乐趣。

罗汉堂外侧地藏殿内，供奉着地藏菩萨。殿内的木刻神龛为佳品，其间斗栱飞檐，鱼度搬爪，双凤朝阳，飞龙滚柱，浮雕垂柱，花草人物，均极为精巧玲珑，为国内少有的艺术珍品。

中院的主体建筑是大雄宝殿。该殿初建于清顺治十八年(1661)，后经多次维修。现大雄宝殿是清光绪三十四年(1908)重修。大殿正中供奉着释迦牟尼坐像，两侧为其弟子阿难和迦叶像。释迦偏袒左肩，结跏趺坐，庄严静穆。佛像后背是用樟木雕刻而成的“五龙捧圣”的图案。佛像前还有韦驮、弥勒、地藏像。佛像后是一组海岛观音像。只见海岛观音赤足站立，左右侍立着一龙女和童子，背后是一面高达八尺的泥塑悬崖峭壁，足下碧波万顷，怒涛汹涌。整个塑像向前倾覆。人们仰视上去，只见观音衣袖似在飘动，正在汹涌的波涛上迎面向你走来，增加了宗教艺术的感染力。佛像前的供桌，是一件不可多得的木刻珍品。供桌高4丈8尺，横阔1丈2尺，深宽2.5尺，前嵌垂栏，宽1.5尺，高0.6尺，其间分为五格，深画镂空。图案描绘的是唐玄奘取经回长安时，君民夹道欢迎的场面：有唐僧、孙悟空、猪八戒、沙和尚等《西游记》人物，有李世民以下文武百官、侍卫、庶民百姓；有亭院殿墙，车马山水，幢幡宝盖，香炉蜡台等一应俱全。综观全图，繁复活泼，盛况空前。垂栏下沿为五龙云彩，周围匝绕，以四虎腿支地，生动有力。相传这一樟木雕刻由十人历时一年才完成。

大雄宝殿前的韦驮殿内，供奉着一尊木雕韦驮像，身着铠甲，手持宝杵，威武挺立，用我国古代武将形象表达了古印度神话中“四大天王三十二将”之首的护法神形象。这座木雕系用整块樟木雕成，线条刀法都是唐朝风格，是归元寺的艺术珍品，也是我国雕刻艺术品中的一件宝贵遗产。

归元寺属曹洞宗，又称归元禅寺，它与宝通寺、溪莲寺、正觉寺今称为武汉的四大丛林。