药师佛在因地修持行菩萨道时，曾发十二大愿：
一、自身光明照无边界；
二、身如琉璃内外清澈；
三、令诸有情悉皆圆满；
四、令一切众生行者安住大乘法宗；
五、令诸有情修行梵行如法清净；
六、诸根不具者皆得端严；
七、令诸有情身心安乐乃至菩提；
八、由女身转男身；
九、令诸有情消除外道邪见修习诸菩萨行；
十、令诸有情解脱一切忧苦；
十一、令诸有情随意饱满令住安乐；
十二、令诸有情得种种上妙衣服无诸苦恼。

此十二微妙上愿使众生得现世安乐。要让众生今世生活于安乐无病苦之中，使具足诸根，导入解脱，故依此愿而成佛，住净琉璃世界，其国土庄严如极乐国。释迦牟尼佛因此开示药师佛法门，利益后世众生。

以药师佛表相而言，乃是为救济一切众生的病苦，实相则是为医治一切众生的病源–根本无明的痼疾，度化众生能够脱离生死的轮回，所以被尊为大医王佛或医王善道。

药师佛誓愿不可思议，若有人身患重病，死衰相现，眷属于此人临命终时昼夜尽心供养礼拜药师佛，读诵药师如来本愿功德经四十九遍，燃四十九灯，造四十九天之五色彩幡，其人得以苏生续命。此种药师佛之信仰自古即盛行。